С прибытием на Крит Иоанна Отшельника начало развиваться мощное направление аскетизма, которое сохраняется и по сей день. Сотни отшельников стали уединяться в отдаленных уголках острова и сформировали целые аскетические сообщества, которые позже превратились в процветающие монастыри.
Особым примером отшельничества служит католический монастырь на мысе Акротири, где монахи живут в пещерах и выполняют свое служение вдали от мирских удовольствий. Также важную роль сыграли религиозные общины на уединенных полуостровах Грамвуса и Родопу, где работало несколько небольших монастырей.
Важнейшим обиталищем отшельников стали естественным образом изолированные непроходимые горы Астерусия к югу от Ираклиона. В сотнях пещер между Агиос Никитас и мысом Литино до сих пор живут отшельники. Они практически не общаются друг с другом. Отшельники районов Агиофараго и Марцало собираются раз в год в пещере Гуменоспилиос, чтобы выяснить, кто пережил этот год.
На востоке Крита в северной провинции Мирабелло находится крупнейший район обитания аскетов, где возведены десятки небольших монастырских строений. Здесь отшельники строят крошечные монастыри, где обычно живут в одиночку.
Св. Дмитрий, Ано Корниас 
Св. Деметриус был небольшим монастырем, работающим рядом с поселением Ано Корниас во времени венецианского правления. Сегодня церковь была восстановлена, но вокруг нее сохранились руины кухни, оливкового пресса, конюшни и т.д.
Монастырь Варсамонеро – один из старейших на Крите, но не функционирует с 18-го века. Во времена своего пика это был важный центр изучения писаний и литературы. Величие монастыря отражено во фресках, которые считаются одними из самых важных в эпоху Венецианского Крита.
К северу вблизи к деревни Ворэ находился монастырь Панагеи Кардиотиссы, подпадающий под управление монастыря Варсамонеро. Эта двухнефная церковь с настенными росписями в южной стороне сохранилась до наших дней. В северной части церкви находится аркосолий.
Церковь Панагеи Альмири (Соленой Девы Марии) принадлежит к церковному округу Мегали Врисси и одной из самых важных мест паломничества долины Мессара. Особенно в День празднования церкви (на Вознесение Господне), когда сотни людей стекаются сюда со всего Крита.
Монастырь Панагеи Кардиотисса находится в зеленой местности Панагея, рядом с деревней Агиос Фомы. Монастырь выходит окнами на реку Ахедианос, и зимой на окраине церковного двора формируются водопады, придавая ландшафту уникальный вид.
Маленькая церковь Св. Антония Евнуха с единственным нефом хорошо спрятана в лесистой местности Агиос Фома, у Домэйн Стратакиса. Храм датируется венецианской эпохой и не имеет фресок. Он работал под покровительством женского монастыря Вронтисси (сохранились следы единичных монашьих келий) и получил разрешение на работу даже при османах.
Многие полагают, что где-то в Джуктас однажды жил апостол Павел. Действительно, в минутах ходьбы от церкви Христа находятся останки очень интересного здания, которое предположительно и было пустынью Св. Павла. Это здание имеет три этажа и построено в очень грубом и невидном месте очень крутого утеса, почти под церковью.
Здесь находятся руины женского монастыря Панагеи у Каридаки. Это была церковь с двумя проходами с поперечным притвором. Из источника рядом с этим монастырем, брал воду известный фонтан Моросини в Кандии (сейчас фонтан Моросини на площади Львов в Ираклионе). Вода попадала сюда по гигантскому акведуку.
