Kreta ist der Geburtsort der ersten europäischen Zivilisation, der Minoer, welche ihre Blütezeit zwischen 3000 und 1200 v. Chr. hauptsächlich im mittleren und östlichen Teil Kretas erlebte. Auch heute noch spiegeln die majestätischen Paläste von Knossos, Phaestus, Malia, Zakros, Tylissos, Arhanes, Monastiraki, Galatas, Kydonia und die luxuriösen Anwesen von Agia Triada, Zominthos, Amnisos, Makrigialos, Vathipetro und Nerokouros die Pracht der minoischen Zivilisation durch Architektur, Töpferwaren, Schmuck und Malerei wider.
Die minoische Flotte, die stärkste ihrer Zeit, was durch mehrere Funde im Mittelmeer belegt wurde, brachte Kreta Wohlstand durch den Handel mit der berühmten kretischen Zypresse und landwirtschaftlichen Produkten. Die Schiffe wurden in großen Werften gebaut, wie der Schiffswerft von St. Theodori bei Vathianos Kambos. Sie waren mit Holz, Honig, Wein, Töpferwaren und Olivenöl aus den Häfen von Dia, Katsambas, Komos, Zakros, Psira, Mochlos, Niros und Petras beladen und segelten in alle Richtungen des Mittelmeers bis nach Skandinavien.
Frauen waren den Männern gleichgestellt und nahmen an allen religiösen Zeremonien, sportlichen Aktivitäten, der Jagd, Theater- und Tanzveranstaltungen teil. Die Meisterstücke der Gebäudearchitektur, Malerei, Bildhauerei und Goldschmiedekunst inspirieren noch heute die moderne Zivilisation. Die Schriften Linear A und Linear B erinnern an die ägyptischen Hieroglyphen, es sind jedoch Schriften griechischen Ursprungs. Der Diskos von Phaistos stellt auch heute noch eines der bekanntesten Mysterien der Archäologie dar und die Entschlüsselung der Symbole bleibt ein Rätsel.
Die Verehrung von Gottheiten wie der Muttergöttin der Fruchtbarkeit, der Herrin der Tiere, Beschützerin der Städte, Häuser und Ernte sowie der Unterwelt dominierten die religiöse Tradition der Minoer, die viele Höhlen und Berggipfel als Gebetsstätten nutzten. Pilger von der ganzen Insel stiegen zu den Gipfelheiligtümern von Juchtas auf und in die Höhle von Hosto Nero auf, um ihre Votivgaben wie minoische Inschriften oder Tonfiguren von Gottheiten darzubringen. Auch gab es Gipfelheiligtümer auf den Gipfeln der Berge Vrysinas, Petsophas, Traostalos, Zhou, Karphi etc. Die Dikti-, Ida- und Kamares-Höhlen spielten ebenso eine bedeutende Rolle bei der Anbetung von Gottheiten.
Boufos minoische Siedlung 
Die archäologische Stätte am Hügel Kefali von St. Anthony oder Kremasma liegt direkt am Meer zwischen den Stränden Avlaki und Boufos. Dieser Punkt bietet einen sehr guten Blick auf die Schlucht Selinari, die die Passage nach Ostkreta war.
Die Minoan Kydonia wurde an der heutigen Lage der Altstadt von Chania gebaut. Kydonia war die drittgrößte Stadt Minoans auf Kreta. Hier entwickelte sich eine blühende Handwerksindustrie und die Stadt wurde durch den Seehandel reich, die durch ihre Position begünstigt wurde. Tatsächlich erwähnen die alten Schriftsteller Kydonia als die Mutter der kretischen Städte.
Die minoische Siedlung in der Nähe des Dorfes Nerokouros, von Chania, wurde 1977 ausgegraben. An diesem Punkt wurde ein minoisches Herrenhaus auf Palastnormen (Fliesenböden, Polythyron, zwei Etagen) gebaut. Die Villa wurde in etwa 1600 v. Chr. gebaut.
Überreste von einem umfangreichen Zentrum der Alten Palastperiode (1950-1700 v. Chr.) wurden aufgedeckt, in der Ortschaft Gournes, in der Nähe des Dorfes Apodoulou, am westlichen Fuß von Psiloritis. Der Ort dominiert das Amari-Tal und kontrolliert den Hauptweg zur Messara Ebene.
Nordöstlich des Dorfes Monastiraki, an der Position Kokkinos Harakas, wurden die palastartigen minoischen Gebäude von den Ausgrabungen, die 1980 begannen, ans Licht gebracht. Der Palast deckt eine geschätzte Fläche von etwa 300 Hektar und sein Kern wurde bis jetzt aufgedeckt.
An der Stelle, die derzeit die Kapelle von Agio Pnevma (Heiliger Geist) auf dem Gipfel des Berges Vrysinas (Höhe 858m) ist, haben die Archäologen wahrscheinlich das wichtigste Minoan Hauptheiligtum von Westkreta identifiziert. Von diesem Punkt aus kann man die Nordküste und die Provinz Agios Vasilios übersehen.
Am Ufer des Flusses Geropotamos, an der Stelle Agia Triada, bauten die Minoer einen kleinen Palast, der von der italienischen Archäologischen Schule in Athen 1902-1914 ausgegraben wurde. Diese königliche Villa wurde im 16. Jahrhundert gebaut. (Neue Palastperiode) und wurde wahrscheinlich als Sommervilla für den König von Phaestus oder als ständiger Wohnsitz nach der Zerstörung des Phaestus Palastes im Jahre 1450 v. Chr. verwendet.
Das spätminoische gewölbte Grabmal von Maleme liegt ganz in der Nähe des deutschen Militärfriedhofs und des historischen Flughafens von Maleme. Das Grab wurde bereits seit dem frühen 20. Jahrhundert geplündert und wurde durch eine Bombe während der Schlacht von Kreta schwer beschädigt.
