Kreta ist der Geburtsort der ersten europäischen Zivilisation, der Minoer, welche ihre Blütezeit zwischen 3000 und 1200 v. Chr. hauptsächlich im mittleren und östlichen Teil Kretas erlebte. Auch heute noch spiegeln die majestätischen Paläste von Knossos, Phaestus, Malia, Zakros, Tylissos, Arhanes, Monastiraki, Galatas, Kydonia und die luxuriösen Anwesen von Agia Triada, Zominthos, Amnisos, Makrigialos, Vathipetro und Nerokouros die Pracht der minoischen Zivilisation durch Architektur, Töpferwaren, Schmuck und Malerei wider.
Die minoische Flotte, die stärkste ihrer Zeit, was durch mehrere Funde im Mittelmeer belegt wurde, brachte Kreta Wohlstand durch den Handel mit der berühmten kretischen Zypresse und landwirtschaftlichen Produkten. Die Schiffe wurden in großen Werften gebaut, wie der Schiffswerft von St. Theodori bei Vathianos Kambos. Sie waren mit Holz, Honig, Wein, Töpferwaren und Olivenöl aus den Häfen von Dia, Katsambas, Komos, Zakros, Psira, Mochlos, Niros und Petras beladen und segelten in alle Richtungen des Mittelmeers bis nach Skandinavien.
Frauen waren den Männern gleichgestellt und nahmen an allen religiösen Zeremonien, sportlichen Aktivitäten, der Jagd, Theater- und Tanzveranstaltungen teil. Die Meisterstücke der Gebäudearchitektur, Malerei, Bildhauerei und Goldschmiedekunst inspirieren noch heute die moderne Zivilisation. Die Schriften Linear A und Linear B erinnern an die ägyptischen Hieroglyphen, es sind jedoch Schriften griechischen Ursprungs. Der Diskos von Phaistos stellt auch heute noch eines der bekanntesten Mysterien der Archäologie dar und die Entschlüsselung der Symbole bleibt ein Rätsel.
Die Verehrung von Gottheiten wie der Muttergöttin der Fruchtbarkeit, der Herrin der Tiere, Beschützerin der Städte, Häuser und Ernte sowie der Unterwelt dominierten die religiöse Tradition der Minoer, die viele Höhlen und Berggipfel als Gebetsstätten nutzten. Pilger von der ganzen Insel stiegen zu den Gipfelheiligtümern von Juchtas auf und in die Höhle von Hosto Nero auf, um ihre Votivgaben wie minoische Inschriften oder Tonfiguren von Gottheiten darzubringen. Auch gab es Gipfelheiligtümer auf den Gipfeln der Berge Vrysinas, Petsophas, Traostalos, Zhou, Karphi etc. Die Dikti-, Ida- und Kamares-Höhlen spielten ebenso eine bedeutende Rolle bei der Anbetung von Gottheiten.
Der Palast von Archanes befindet sich im Vorort Tourkogitonia der Stadt Archanes. Er kam erst 1964 von Giannis Sakellarakis an, weil bis dahin nur wenige Spuren des Palastes gefunden worden waren. Einige Teile des Palastes befinden sich noch unter den Häusern der modernen Arhanes.
Der Palast von Galatas liegt 30 km südlich von Heraklion, in der Nähe von Arkalochori, in erhöhter Lage mit Blick auf Südkreta und in der Nähe der minoischen heiligen Höhle von Arkalochori.
Die archäologische Stätte des antiken Tylisos liegt 16 km westlich von Heraklion, in einer strategischen Lage. Tylissos war eine minoische Stadt, die 1650-1450 blühte, hauptsächlich weil sie inmitten der Straße war, die von Knossos zu den westminoischen Zentren und Ida Berg führte. 1450 wurde es zerstört, wurde aber bis 1200 wieder aufgebaut und gediehen.
Der alte Zominthos liegt 7 km westlich von Anogia, auf der Straße auf dem Plateau von Nida. Entdeckt im Jahr 1982, ist Zominthos eine der bedeutendsten archäologischen Entdeckungen auf Kreta, verglichen mit vielen von Knossos.
Das minoische Herrenhaus von Sklavokambos wurde 1930 entdeckt, während es die Hauptstraße nach Anogia baute und ein Teil davon durch die Werke zerstört wurde. Das ist ein mehrstöckiges Gebäude mit einem Hauptraum, wo ein Lehm-Ochsenkopf gefunden wurde, zusammen mit einem spätminoischen Krug der IB-Periode und einem Stein Rhyton. Das Gebäude hatte mindestens 17 Zimmer.
Priniatikos Pirgos ist eine kleine Halbinsel, die die beiden Strände von Agios Panteleimon Karavostasis trennt, auf der eine wichtige minoische Siedlung identifiziert wurde. Die Siedlung wurde von der amerikanischen und irischen Archäologischen Schule abgebildet. Sie wurde von der minoanischen bis zur osmanischen Zeit bewohnt und war sehr abhängig von ihrem Hafen. Wichtige Erkenntnisse sind Öfen für die Keramikproduktion.
Die minoische Siedlung von Vasiliki liegt über dem Ausgang der Schlucht von Ha und in der Nähe der minoischen Siedlung von Gournia, an einem erhöhten Punkt, der das Tal von Ierapetra kontrollierte.
Die archäologische Stätte von Gournia liegt auf einem Hügel westlich von Pachia Ammos, in der Nähe der Straße, die Agios Nikolaos mit Ierapetra verbindet, 19 km östlich von Agios Nikolaos. Die Stadt blühte in der minoischen Zeit und ist die kompletteste ausgegrabene Minoische Stadt auf Kreta.