Die Existenz zahlreicher Höhlen ist untrennbar mit der schroffen Topographie von Kreta verbunden. Die Menschen lebten in Höhlen vor Tausenden von Jahren, wie durch die prähistorischen Schnitzereien in der Höhle Skordilakia von Asfendou belegt wurde. Darüber hinaus wird die heutige religiöse Tradition in den Höhlen die kavernöse Kapellen beherbergt, eine Evolution der Anbetung der alten Götter in Höhlen.
Apoloustres Höhle 
Diese ist eine von zwei Höhlen im Dorf Pefkos, von Makrigialos (die andere ist Vreiko). Die Höhle hat schöne Dekoration und ist leicht von einer passierbaren Schotterstraße zu erreichen, die vom Dorf Pefki beginnt und nach Norden führt. Ein gut geformter Weg führt zum Eingang der Höhle, die vom Parkplatz aus beginnt.
Die Höhle von Agia Fotini befindet sich auf dem Berg Louloudaki, 7 km südlich von Avdou Dorf, auf einer Höhe von 760 m. 35 km östlich von Heraklion befindet sich das Dorf Avdou, wo ein Schild "Agia Fotini Höhle - 7 km" die Richtung zeigt. Von dort gelangt man in eine unbefestigte Straße, die zu einem kleinen Platz unterhalb der Mündung der Höhle führt. Zu Fuß kommt der Besucher am Eingang der Höhle an.
Die Höhle Krionerida liegt in der Schlucht Laggos, südwestlich des Dorfes Vafes, auf einer Höhe von 230m. Die Höhle hat keinen besonderen speläologischen Wert, aber sie hat eine enorme historische Bedeutung, da die Bewohner von Vafes hier von den Türken im Jahre 1821 getötet wurden. Tatsächlich wurde die weitere Region Krionerida nach dieser historischen Höhle benannt.
Die Höhle von Fragantonis liegt 700m süd-südwestlich von Malia, am Fuße des Berges Volakias, auf einer Höhe von 20m und unterhalb der neuen Autobahn. Die Höhle hat zwei Eingänge: einen niedrigen und einen anderen von ihrem Dach. Der niedrige sieht nach Norden, mit einer Breite von etwa einem Meter, aber der Zugang von dort ist ein bisschen schwierig wegen der Steine, die durch das Regenwasser gebracht werden.
Nur wenige Meter von den letzten Häusern des Dorfes Samonas entfernt, erschien nach den Straßenarbeiten eine kleine Höhle im Jahr 1994, mit reichem Dekor und einem kleinen Teich. Um auf den Hauptraum zu gelangen, wird eine Leiter benutzt.
Direkt vor dem Dorf Kali Sykia des Basilius-Basilius, in der Präfektur Rethymno, auf der Straße, die zum unheimlichen Plateau mit der Kapelle des Hl. Andreas führt, begegnen wir der Höhle Chonos, im gleichnamigen Gebiet. Der Eingang ist komplett von Büschen versteckt und passt kaum zu einer kriechenden Person.
Neraidospilios von Astraki liegt etwa 23 km von Heraklion entfernt, in der Nähe des Dorfes Astraki. Die Höhle liegt in der Nähe des majestätischen Flusses Astraki, wo die Schlucht, die in Karteros endet, beginnt. Neraidospilios ist eine kleine zweistöckige Höhle. Nach dem Archäologen Paul Faure ist sie der Tempel der Athena Tritogenia, derer Nachname aus dem alten Namen des Flusses Karteros stammt, das ist Triton (Tritogenia bedeutet "aus Triton kommen").
Die Höhle Drakolaki ist ein langer unterirdischer Fluss, der sich an den südlichen Hängen des Gipfels Thodoris auf den Weissen Bergen befindet, im oberen Teil der Schlucht Aradena. Das ist eigentlich der Ausgangspunkt einer der Grundschluchten, die die Aradena Schlucht verschmelzen und bilden.
