Το Ηράκλειο, ως πρωτεύουσα του νησιού, φιλοξενεί τα σημαντικότερα μουσεία της Κρήτης. Ο επισκέπτης μπορεί να περιπλανηθεί στις αίθουσες του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου, του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης, του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας, του Μουσείου Βυζαντινών Εικόνων της Αγίας Αικατερίνης και σε άλλες σπουδαίες συλλογές.
- 1
- 2
Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου 
Η συλλογή με τις Μινωικές αρχαιότητες στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου είναι η σημαντικότερη στον κόσμο και το μουσείο θεωρείται το κατ' εξοχήν μουσείο του Μινωικού πολιτισμού. Είναι από τα μεγαλύτερα και πιο αξιόλογα μουσεία στην Ελλάδα και ένα από τα σημαντικότερα στην Ευρώπη.
Στην Αρχαιολογική Συλλογή Μαλεβιζίου εκτίθενται 500 περίπου αρχαία αντικείμενα, που χρονολογούνται σε όλες τις εποχές της Κρητικής αρχαιότητας και εκτίθενται σε 40 περίπου προθήκες.
Ιστορικό Μουσείο Κρήτης 
Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953 από της Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Στεγάζεται σε ένα υπέροχο νεοκλασικό κτίριο που ήταν η οικία του Μίνωα Καλοκαιρινού και παραχωρήθηκε από το Ίδρυμα Καλοκαιρινού.
Το Μουσείο Εικόνων και Κειμηλίων Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης στεγάζεται στον Ενετικό ναό της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών, στο κέντρο του Ηρακλείου, και δίπλα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά.
Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.
Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης 
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης του Πανεπιστημίου Κρήτης ιδρύθηκε το 1980 και από το 2007 στεγάζεται στο κτίριο της παλιάς ηλεκτρικής στην παραλιακή του Ηρακλείου, κοντά στο ενετικό λιμάνι.
Το Mουσείο Κοτσανά-Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας μελετά, αναδεικνύει και παρουσιάζει στο ελληνικό και διεθνές κοινό μια ύψιστης σημασίας αλλά σχετικά άγνωστη πτυχή του αρχαιοελληνικού πολιτισμού: την τεχνολογία. Στο ενετικό μεγαρο Ιττάρ, οι επισκέπτες έχουν την μοναδική ευκαιρία να εξερευνήσουν την έκθεση «Αρχαία Ελλάδα-Οι Απαρχές των Τεχνολογιών», η οποία περιλαμβάνει 55 επιλεγμένα εκθέματα –ομοιώματα εφευρέσεων
Το Μουσείο Ιατρικής στεγάζεται στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ηράκλειο. Η συλλογή του αποτελείται από ιστορικά ιατρικά βιβλία, ιατρικά και χειρουργικά εργαλεία, παλαιά ιατρικά μηχανήματα, φαρμακευτικά σκεύη ιστορικής σημασίας, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό.
- 1
- 2
