Από τα πρώτα Χριστιανικά Χρόνια, η Κρήτη αποτέλεσε κοιτίδα της Ορθοδοξίας, γεγονός που αποτυπώνεται έντονα στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία του νησιού. Ακόμη και οι αγώνες των Κρητικών για ελευθερία, τις περισσότερες φορές, ξεκινούσαν από τις μοναστικές κοινότητες, που ήταν διάσπαρτες στο νησί.
Η θρησκευτική παράδοση είναι εξαιρετικά έντονη σε όλες τις περιοχές της Κρήτης και παρούσα στην καθημερινή ζωή των Κρητικών. Με αυτόνομη αρχιεπισκοπή, ξεχωριστή από την υπόλοιπη Ελλάδα, χιλιάδες τόπους λατρείας και δεκάδες μοναστήρια που έχουν παίξει ιδιαίτερο ρόλο στην εδραίωση του Χριστιανισμού και στην ιστορία του τόπου κατά των κατακτητών, η Κρήτη, αποτελεί ένα μοναδικό θρησκευτικό προορισμό.
Από τα πρώιμα χριστιανικά χρόνια, όταν ο Απόστολος Παύλος επισκέφτηκε την Κρήτη και έμεινε για δύο χρόνια, η Κρητική Χριστιανική παράδοση ζυμώθηκε μέσα στους αιώνες. Μοναδικοί τόποι μοναστικής αυτοεξορίας, ίχνη από πρωτοχριστιανικές βασιλικές και αγιογραφημένοι Βυζαντινοί Ναοί βρίσκονται σε όλο το μήκος της Κρήτης.
Πολλά μοναστήρια διαδραμάτισαν σπουδαίο ιστορικό ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία. Δεν πρέπει να παραλείπεται και η τεράστια άνθιση της Κρητικής Αγιογραφίας, με κορυφαίους εκφραστές το Δομήνικο Θεοτοκόπουλο και το Μιχαήλ Δαμασκηνό.
Ο Απόστολος Παύλος, πριν συνεχίσει το ταξίδι του για τη Ρώμη, σταμάτησε δύο χρόνια στο νησί της Κρήτης για να κηρύξει το Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, η οποία παραμένει άσβεστη μέχρι σήμερα. Μετά την αποχώρησή του, το έργο του ανέλαβε ο μαθητής του, Τίτος, ο οποίος υπήρξε ο πρώτος επίσκοπος Κρήτης.
Η νέα απαγορευμένη θρησκεία άρχισε να εξαπλώνεται δειλά σε όλο το νησί, αλλά εκδηλώθηκε με την κατασκευή των πρώτων μεγάλων μνημείων μετά την έκδοση του διατάγματος των Μεδιολάνων το 313 μ.Χ., το οποίο προστάτευε το δικαίωμα της ανεξιθρησκείας.