Η Κρήτη έχει περιορισμένους υδάτινους πόρους, λόγω της γεωγραφικής της θέσης και των καιρικών φαινομένων που επικρατούν. Για την επάρκεια του νησιού, κατασκευάζονται φράγματα και τεχνητές δεξαμενές, που σε σύντομο χρόνο μετατρέπονται σε σημαντικούς υδροβιότοπους, εμπλουτίζοντας τη βιοποικιλότητα του νησιού.
Η μεγαλύτερη φυσική λίμνη της Κρήτης βρίσκεται στον Κουρνά Αποκορώνου, όπου υπάρχει διαμορφωμένο παρατηρητήριο πτηνών. Μικρές αλλά σημαντικές φυσικές λίμνες με νερό όλο το χρόνο βρίσκονται στον Τερσανά Χανίων, στο Μοχό και στο Θραψανό, ενώ εποχικές λίμνες βρίσκονται στην Ορνέ, στο Παρακαλούρι, στη Ζίρο, στον Ομαλό Βιάννου, στον Αχεντριά, στο Στρούμπουλα, σε διάφορα οροπέδια του Μιραμπέλου, στη λίμνη του Διγενή στη Γέργερη και σε πολλά άλλα σημεία. Τεχνητές λίμνες που μπορεί κάποιος να παρατηρήσει πουλιά βρίσκονται στην Αγυιά Χανίων, στα μεγάλα φράγματα Μπραμιανών, Αποσελέμη, Φανερωμένης, Ποταμών και στα πολυάριθμα μικρά φράγματα της ενδοχώρας του Ηρακλείου, ενώ αξιόλογο σημείο για βόλτα είναι η λίμνη του Ζαρού.
Λίμνη Ζαρού (Βοτόμος) 
Η τεχνητή λίμνη του Ζαρού ή Βοτόμος βρίσκεται στις νότιες πλαγιές του Ψηλορείτη, 1 χλμ βόρεια από τον Ζαρό και 45 χλμ νοτιοδυτικά του Ηρακλείου. Η λίμνη πριν το 1987 ήταν ένας μικρός υδροβιότοπος ο οποίος σχηματιζόταν από τον κρατήρα της πηγής Βοτόμου.
Λίμνη Κουρνά 
Η λίμνη του Κουρνά και τα περίχωρα της αποτελούν ένα πολύ σημαντικό οικοσύστημα για την Ελλάδα, καθώς είναι από τις λίγες περιοχές της Κρήτης όπου υπάρχει άφθονο γλυκό νερό καθ’όλη τη διάρκεια του έτους. Γι’αυτό το λόγο έχει ενταχθεί στο δίκτυο Natura 2000.
Το φράγμα Αποσελέμη ήταν ένα πολύπαθο τεχνικό έργο που τελικά ολοκληρώθηκε το 2012. Στο βυθό του φράγματος υπάρχει το μικρό χωριό Σφεντύλι, οι λιγοστοί κάτοικοι του οποίο ξεριζώθηκαν από τον τόπο τους κι απομακρύνθηκαν..
Η τεχνητή λίμνη της Αγιάς βρίσκεται δίπλα στο ομώνυμο χωριό, 9 χλμ δυτικά των Χανίων. Είναι μια μικρή λίμνη έκτασης 450 στρεμμάτων, η οποία επικοινωνεί νότια με την κοιλάδα του Φασά. Η κοιλάδα αυτή θεωρείται ως η πιο υγρή της Κρήτης. Η λίμνη δέχεται νερό από υπόγειες πηγές και από τον ποταμό Ξεκωλωμένο.
Λιμνοβάραθρο Βουρβουλίτης 
Ακριβώς ανατολικά της παραλία του Αγιοφάραγγου και αφού σκαρφαλώσουμε τα βράχια, συναντάμε μια κρυμμένη θαλασσινή λίμνη-βάραθρο με υφάλμυρο νερό. Ο Βουρβουλίτης, όπως λέγεται, επικοινωνεί υποθαλάσσια με την ανοιχτή θάλασσα.
Η πηγή του Αλμυρού θα μπορούσε να είναι ο ορισμός του παράδοξου. Μια πηγή στη βορειοανατολική άκρη του Ψηλορείτη, που απέχει μόλις μερικές εκατοντάδες μέτρα από τη θάλασσα και την πόλη του Ηρακλείου, προσφέρει τη μεγαλύτερη ποσότητα νερού της Κρήτης, κατευθείαν στη θάλασσα μέσω του ομώνυμου ποταμού.
Η λίμνη των Ποταμών σχηματίζεται από το φράγμα του Αμαρίου, το οποίο εγκαινιάστηκε το 2009. Η λίμνη βρίσκεται μέσα στην καταπράσινη κοιλάδα του Αμαρίου, 25 χλμ νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου.
Σήμα κατατεθέν του Αγίου Νικολάου είναι η γραφική Λίμνη Βουλισμένη, μια μικρή λιμνοθάλασσα στο κέντρο της πόλης, που χρησιμοποιείται για να δένουν οι βάρκες. Δεκάδες θρύλοι συνδέονται με αυτήν λόγω των πολύ βαθιών νερών της, όπως το ότι δεν έχει βάθος.
