Μαζί με τη μονή του Αγίου Ιωάννη στον Γκιώνα, λίγα χιλιόμετρα πριν, ήκμασαν κατά την όψιμη Ενετική κυριαρχία όπου μετά την άλωση της Κρήτης από τους Τούρκους, παραχωρήθηκαν στη μονή της Οδηγήτριας Γωνιάς, η οποία συγκέντρωσε πλήθος μικρών μοναστηριακών συγκροτημάτων ως μετόχια της.
Ένα από τα πιο εντυπωσιακά αλλά και όμορφα έθιμα της Κρήτης είναι το έθιμο του Κλήδωνα που έχει τις ρίζες του στην αρχαιότητα. Ο Κλήδωνας (και όχι Κλείδωνας) που προέρχεται από το αρχαιοελληνικό κληδών που σημαίνει το σημάδι ή τον οιωνό γιορτάζεται κάθε χρόνο στις 24 Ιουνίου, ημέρα που τιμάμε το Γενέθλιο του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου.
Ο πλάτανος σχηματίζει μια αρκετά ευρύχωρη κουφάλα στο εσωτερικό του κορμού του. Στην κουφάλα αυτή μέσα εδώ και ένα χρόνο ο ιδιοκτήτης της περιοχής Αντώνης Γερογιαννάκης σκέφτηκε να δημιουργήσει τον πρώτο ναό στην Κρήτη μέσα σε κορμό δέντρου. Έτσι μετέτρεψε την κουφάλα του δέντρου σε ναό της Παναγίας και της Αγίας Άννας, μητέρας της Παναγίας. Το δάπεδο πλακοστρώθηκε και τοποθετήθηκαν οι εικόνες ενώ φτιάχτηκε και μονοπάτι που φτάνει από το δρόμο μέχρι το δέντρο-εκκλησία.
Το έρημο χωριό Αξέντι βρίσκεται σε τοποθεσία φυσικού κάλλους ανάμεσα σε γόνιμα χωράφια και δάση από δρυς ενώ η περιοχή έχει την ευλογία να έχει και αρκετές πηγές νερού. Ακόμα και σήμερα στην εκκλησία του χωριού το Άγιο Πνεύμα υπάρχει εικόνα του Αγίου Αυξεντίου να θυμίζει το παλιό όνομα της περιοχής.
Στην αρχή του φαραγγιού του Μάρτσαλου θα συναντήσετε την υπέροχη Εκκλησία της Παναγιάς της Μαρτσαλιανής, αφιερωμένη στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Η Εκκλησία, που είναι κτισμένη μέσα στον βράχο, χρησιμοποιήθηκε ως κατακόμβη κατά την διάρκεια των χριστιανικών διωγμών.
Δυτικά από τη Μονή Κουδουμά, βρίσκεται το Αββακόσπηλιο, ένας σπηλαιώδης ναός στον οποίο ασκήτευε κατά τον 7ο αι. ο Όσιος Κοσμάς και θάφτηκε το σκήνωμα του, σύμφωνα με την παράδοση.
Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το Εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε στην τοποθεσία μιας παλαιότερης εκκλησίας του 1700, προς τιμή του Οικουμενικού Πατριάρχη Βαρθολομαίου Α' που επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992.
Στην ανατολική μεριά του φαραγγιού του Ρούβα, ψηλά πάνω από το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου, συναντάμε την τοποθεσία Καλύβες, όπου ασκήτευσαν τον 17ο αιώνα (περίπου το 1670) οι Όσιοι Ευθύμιος και ο Νικόλαος ο Κουρταλιώτης, που για κάποιους είναι το ίδιο πρόσωπο. Στο εσωτερικό του σπηλαιώδη ναού υπάρχουν μερικές τοιχογραφίες.