Ο ναός της Παναγίας της Παντάνασσας Βαγιωνέας είναι αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή και βρίσκεται στην τοποθεσία Βαγιωνιά της περιφέρειας της Ανατολής Ιεράπετρας. Είναι κτισμένος σε δύσβατη αγροτική περιοχή, γεμάτη από θερμοκήπια, και αποτέλεσε καθολικό της γυναικείας μονής Παντάνασσας.
Η Παλαιοχριστιανική βασιλική της Παναγίας βρίσκεται μόλις 50μ μακριά από την παραλία της Λισσού και το ιερό της βήμα έφερε κυκλοτερή αψίδα, από την οποία δε σώζεται το σύνθρονο. Μπροστά από την αψίδα διατηρείται η βάση της αγίας τράπεζας, ενώ σε βάθος 60 εκατοστών διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση το ψηφιδωτό δάπεδο.
Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος σε αγροτική περιοχή βορειοανατολικά της Μονής Σελίνου. Το αρχαιότερο ανατολικό του τμήμα κτίσθηκε στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου ναού με τυφλά αψιδώματα στους πλαϊνούς τοίχους.
Οι Κρήτες από τα αρχαία κιόλας χρόνια είχαν την τάση να χτίζουν υπαίθρια ιερά για να ευχαριστούνε τις ανώτερες δυνάμεις για τα καλά αγαθά και τους καρπούς που η γη τους χάριζε. Η συνήθεια αυτή έφτασε ακόμα και μέχρι τις μέρες μας και τα αρχαία αγροτικά ιερά αντικαταστάθηκαν από τα περίφημα εικονοστάσια που συναντάμε μέσα σε καρπερά χωράφια ή απλά στη φύση και όχι σε δρόμους.
Ο εγκαταλελειμένος οικισμός της Απολύχνου που βρίσκεται σε υψόμετρο 220μ, μέσα σε όμορφο φαράγγι με πηγές και πλατάνια. Πάνω από τις πηγές έχει κτιστεί ο Βυζαντινός ναός του Αγίου Παντελεήμονα. Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος με οξυκόρυφο θόλο που χρονολογείται στον 14ο αιώνα και οι κάτοικοι της Μεσαράς θεωρούν θαυματουργό.
Λίγο νότια από το κέντρο του χωριού Άνω Μούλια της επαρχίας Καινουργίου βρίσκεται ο μικρός ναός των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου στο κέντρο μιας μικρής γρααφικής πλατείας. Εξωτερικά φαίνεται σύγχρονος ναός, αλλά η αρχική του κατασκευή ανάγεται στον 13ο αιώνα, όπως χρονολογείται η σωζώμενη τοιχογραφία της Καιόμενης Βάτου.
Ο Ναός της Παναγίας στον Κισσό Αγίου Βασιλείου βρίσκεται δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού και είναι αφιερωµένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ο αρχικός μονόχωρος ναός έχει επεκταθεί στα δυτικά μάλλον στις αρχές του 20ου αιώνα, όταν προστέθηκε το εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο που φέρει την χρονολογία 1901.