Στις 28 Οκτωβρίου 1940 η Ιταλία εισέβαλε στην ηπειρωτική Ελλάδα από την Αλβανία. Παρόλο που οι Ελληνικές δυνάμεις αρχικά απώθησαν τους Ιταλούς, η επακόλουθη Γερμανική παρέμβαση ανάγκασε την εκκένωση του Ελληνικού στρατού και μιας εκστρατευτικής συμμαχικής δύναμης, η οποία είχε αποσταλεί από την Αίγυπτο τον προηγούμενο μήνα από το Βρετανικό Ναυτικό, και την υποχώρησή τους στην Κρήτη.
Οι εξαιρετικοί λιμένες της Κρήτης αποτελούσαν μια σημαντική βάση επιχειρήσεων για τα συμμαχικά πλοία, από όπου θα μπορούσε να απειλήσει τις Γερμανικές και τις Ιταλικές αποστολές στη Μεσόγειο. Ταυτόχρονα, τα αεροδρόμια του νησιού, έφεραν τις κρίσιμης σημασίας δεξαμενές πετρελαίου στο Πλοέστι (Ploieşti) της Ρουμανίας, μέσα στην εμβέλεια των συμμαχικών βομβαρδιστικών.
Οι Γερμανικές δυνάμεις σχεδίασαν την επίθεση στην Κρήτη στην προσπάθειά τους να κάμψουν την ελληνική αντίσταση και να σιγουρέψουν τη νότια πτέρυγά τους πριν την έναρξη των πολεμικών επιχειρήσεων στη Ρωσία. Η συνεχιζόμενη κυριαρχία του Βρετανικού Ναυτικού στη Μεσόγειο δεν επέτρεπε την εισβολή από τη θάλασσα, αλλά την 20η Μαΐου 1941, οι Γερμανοί εξαπέλυσαν την μαζική αεροπορική επίθεση με όνομα Ερμής, χρησιμοποιώντας αλεξιπτωτιστές κατά των στρατευμάτων της Βρετανίας, της Αυστραλίας, της Νέας Ζηλανδίας και της Ελλάδας που υπερασπίζονταν το νησί.
Οι βασικοί στόχοι των Γερμανών ήταν η κατάληψη των τριών αεροδρομίων του νησιού στο Μάλεμε, στο Ηράκλειο και στο Ρέθυμνο, γεγονός που θα τους επέτρεπε να μεταφέρουν ενισχύσεις σε στρατιώτες και προμήθειες σε επαρκή αριθμό ώστε να υπερκεράσουν τους ελάχιστους εναπομείναντες υπερασπιστές του νησιού. Παρά τη λυσσαλέα αντίσταση και τις βαριές απώλειες, οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές κατάφεραν να καταλάβουν το αεροδρόμιο του Μάλεμε και να πάρουν το πάνω χέρι.
Μετά από πολλές ημέρες απελπισμένων μαχών, τα στρατεύματα της Βρετανίας, της Νέας Ζηλανδίας και της Ελλάδας αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν το νησί. Τις νύχτες μεταξύ 28 και 31 Μαΐου, το βρετανικό ναυτικό εκκένωσε 18000 στρατιώτες αλλά πλήρωσε βαρύ τίμημα. Ένα αεροπλανοφόρο, δύο θωρηκτά, έξι καταδρομικά και επτά αντιτορπιλικά υπέστησαν σοβαρές ζημιές και τρία ακόμη καταδρομικά και έξι αντιτορπιλικά βυθίστηκαν με απώλειες 2000 ανδρών. Οι συμμαχικές αεροπορικές δυνάμεις έχασαν 47 αεροσκάφη στη Μάχη της Κρήτης. Μέχρι την 1η Ιουνίου 1941, η εκκένωση είχε ολοκληρωθεί και το νησί βρισκόταν πλέον υπό γερμανική κατοχή.
Η Μάχη της Κρήτης χαρακτηρίστηκε Πύρρειος νίκη της Γερμανίας, καθώς οι γερμανικές απώλειες ήταν πολύ μεγάλες. Οι απώλειες στο επίλεκτο σώμα των αλεξιπτωτιστών έφτασαν τους 8000 άνδρες με περισσότερους από 4000 νεκρούς από την δύναμη των 22750 που έλαβε μέρος στην επιχείρηση. Στο στρατόπεδο των Ελλήνων και των συμμάχων, από τους 43000 άνδρες, 12000 πιάστηκαν αιχμάλωτοι και 4500 σκοτώθηκαν.
Αφού οι συμμαχικές δυνάμεις έφυγαν από το νησί, οι Γερμανοί διατήρησαν στη ζώνη τους όλη την Κρήτη, εκτός από το Λασίθι, το οποίο παρέδωσαν στους Ιταλούς. Ο άμαχος πληθυσμός της Γερμανοκρατούμενης Κρήτης πλήρωσε πολύ βαρύ φόρο αίματος κυρίως ως αντίποινα για την αντιστασιακή δράση αντάρτικων ομάδων. Οι Γερμανοί ανίκανοι να αντιμετωπίσουν τους αντάρτες στα αφιλόξενα Κρητικά βουνά, στράφηκαν εναντίον του άμαχου πληθυσμού καταπατώντας κάθε διεθνή συνθήκη. Δεκάδες χωριά ισοπεδώθηκαν, εκτελέστηκαν παιδιά, ηλικιωμένοι και γυναίκες, λεηλατήθηκαν μονές και αρχαιολογικοί χώροι, υποδομές καταστράφηκαν.
Ακόμη και σήμερα δεν έχει αποδοθεί δικαιοσύνη για τις φρικαλεότητες των Γερμανών κατά του άμαχου πληθυσμού της Κρήτης. Κοντομαρί, Κακόπετρος, Καλή Συκιά, Βιάννος, Κάνδανος, Ιεράπετρα, Ανώγεια, Βορίζια, Αμάρι… δεκάδες τα χωριά που ακόμη περιμένουν τη δικαίωση για το αίμα που τόσο άδικα χύθηκε από τους κατακτητές.
Η Μάχη της Κρήτης ήταν η πρώτη αμιγώς αεροπορική απόβαση στην ιστορία. Λόγω των τεράστιων απωλειών σε επίλεκτους στρατιώτες, δεν επιχειρήθηκε ποτέ ξανά.
