Το Αμμούδι βρίσκεται μόλις 1 χλμ βόρεια του κέντρου του Αγίου Νικολάου, σε ένα βαθύ και καλά προστατευμένο κολπίσκο. Είναι μικρή παραλία με άμμο και ρηχά καθαρά νερά, η οποία προτιμάται ταυτόχρονα από ντόπιους και από επισκέπτες. Είναι κρυμμένη ανάμεσα σε μεγάλα αλμυρίκια, ενώ είναι πολύ καλά οργανωμένη με πολλές επιλογές για διαμονή, φαγητό και θαλάσσια σπορ. Απέναντι από το Αμμούδι διακρίνουμε τα νησάκια των Αγίων Πάντων και το Μικρονήσι με τον παλιό φάρο.
Βορειοανατολικά του Αμμουδίου είναι κτισμένη μια από τις ιστορικότερες ξενοδοχειακές μονάδες της πόλης, το ξενοδοχείο Minos, στην έκταση του οποίου υπάρχουν μικρές παραλίες με άμμο και πολλές προβλήτες στα βράχια για μπάνιο. Λίγο πιο πέρα, στο ακρωτήριο Νησί δεσπόζει το Πρωτοβυζαντινό εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου, που έχει δώσει το όνομα του σε ολόκληρη την πόλη του Αγίου Νικολάου. Το εκκλησάκι κτίστηκε μετά τον 7ο αιώνα και είναι ένα από τα αρχαιότερα στην Κρήτη με αγιογραφίες με γεωμετρικά και φυτικά σχήματα. Αργότερα, μετά το σεισμό του 1303 επισκευάστηκε και τοιχογραφήθηκε με αγιογραφίες, που αποτελούν το δεύτερο στρώμα.