Η Αγία Πελαγία βρίσκεται σε μια εύφορη πεδιάδα στην περιφέρεια της Αχλάδας, 21 χλμ δυτικά του Ηρακλείου. Η Αγία Πελαγία από ένας μικρός οικισμός που εξυπηρετούσε το λιμάνι της Αχλάδας στις αρχές του 20ου αιώνα, έχει εξελιχθεί σήμερα σε ένα πολύ δημοφιλές τουριστικό θέρετρο παρέχοντας κάθε άνεση και πολύ όμορφες παραλίες. Νότια της χερσονήσου της Σούδας όπου ήταν κτισμένη η αρχαία Απολλωνία, σχηματίζεται η κύρια παραλία του οικισμού με χοντρή άμμο και πρασινωπά νερά. Τα καλοκαιρινά βράδια δεκάδες νέοι κατακλύζουν τις καφετέριες και τα μπαρ της παραλίας.
Στη βόρεια μεριά της παραλίας υπάρχει η σπηλιά της Εύρεσης κι ένα μικρό εικονοστάσι που βρίσκεται εκεί για να θυμίζει το σημείο που βρέθηκε πριν μερικούς αιώνες η εικόνα της Αγίας Πελαγίας. Με αφορμή αυτό έκτισαν σε κοντινή απόσταση τη Μονή της Αγίας Πελαγίας, η οποία ήταν πολύ γνωστή σε όλη την Κρήτη. Χιλιάδες πιστοί έρχονταν στην παραλία για το πανηγύρι της Αγίας Πελαγίας και έβαζαν τα πόδια τους ή θάβονταν γυμνοί στην άμμο, για να θεραπευτούν από τις ασθένειες τους.
Φυλακές
Αν περπατήσετε λίγα μέτρα μετά τη σπηλιά της Εύρεσης, θα βρεθείτε πάνω από την όμορφη παραλία των Φυλακών. Οι Φυλακές είναι ένας μικροσκοπικός κόλπος με ψιλή άμμο και καταπράσινα νερά, προστατευμένος από τους ψηλούς και κατάφυτους γκρεμούς του ακρωτηρίου της Σούδας. Η παραλία είναι τόσο στενή, που όταν έχει κύμα, εξαφανίζεται τελείως. Εκεί μπορείτε να φτάσετε κατεβαίνοντας έναν ομαλό γκρεμό πριν την παραλία, αλλά σε κάποιο σημείο θα πρέπει να βουτήξετε στο νερό, άρα θα πρέπει να προσέχετε με τα πράγματά σας.
Βλυχάδα
Μια άγνωστη τεχνητή παραλία με βότσαλο σχηματίζεται ανατολικά της Αγίας Πελαγίας, δίπλα στο ξενοδοχείο Diana. Η Βλυχάδα είναι μια πολύ μικρή παραλία με βότσαλο, η οποία ωστόσο είναι ανοικτή στους βοριάδες. Η πρόσβαση γίνεται αποκλειστικά με κολύμπι από την Αγία Πελαγία.
Ήταν ένα από τα σημαντικότερα λιμάνια της Κρήτης κατά την Ενετική περίοδο. Από εδώ, κατά την εικοσαετή πολιορκία του Χάνδακα, τροφοδοτούνταν οι πολιορκούμενοι κάτοικοι του με τα είδη πρώτης ανάγκης. Αργότερα οι Οθωμανοί έκτισαν εδώ κι ένα φρούριο, ίχνη του οποίου δεν υπάρχουν σήμερα. Οι Οθωμανοί είχαν ονομάσει τον όρμο της Αγίας Πελαγίας ως Τσανάκ Λιμάνι, επειδή η λεκάνη του θυμίζει πιάτο (τσανάκ= πιάτο). Πράγματι, τα νερά είναι σχεδόν πάντα ήρεμα και ο κόλπος σχηματίζει ένα υπήνεμο λιμάνι. Εδώ άραζε και το θρυλικό πλοίο Αρκάδι κατά την περίοδο της Κρητικής Επανάστασης, για να παρέχει πολεμοφόδια στους επαναστάτες.