Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στα όρια του οικισμού Κισσός της επαρχίας Αγίου Βασιλείου και εορτάζει στις 26 Σεπτεμβρίου. Είναι μικρός καμαροσκέπαστος του 13ου αιώνα, με σχετικά μεγάλο ύψος σε σχέση με τις άλλες του διαστάσεις, θεμελιωμένος σε φυσικό βράχο. Εντύπωση προκαλεί η πλήρης απουσία παραθύρων στους τοιχους, εκτός από το αγιοθύριδο του ιερού βήματος. Η εκκλησία είχε ταφικό χαρακτήρα καθώς έξω από την εκκλησία έχουν εντοπιστεί πολλοί τάφοι.
Οι εικόνες στο ξυλόγλυπτο τέμπλο του ναού χρονολογούνται στο 1935. Το εσωτερικό του φέρει επίσης τοιχογραφίες σε δύο στρώματα που αποδίδονται σε δύο διαφορετικούς ζωγράφους, πολλές από τις οποίες έχουν φθαρεί από άλατα ή είναι καλυμμένες από κονίαμα. Το πρώτο στρώμα ανήκει σε ικανό ντόπιο ζωγράφο που χρησιμοποίησε πολύ ζωηρά χρώματα. Από το πρώτο στρώμα διασώζονται λίγα σπαράγματα, όπως η παράσταση των δύο αγγέλων δίπλα στο αγιοθύριδο, οι συλλειτουργούντες ιεράρχες του Μελισμού στο ιερό, η Κοίμηση στο κατώτερο μέρος του βόρειου τοίχου, ένας άγιος στο δυτικό τοίχο.
Το νεότερο στρώμα χρονολογείται στα τέλη του 14ου ή στις αρχές του 15ου αιώνα και αποδίδεται εργαστήριο εξίσου ικανού ζωγράφου. Ευτυχώς διασώζεται σχεδόν ακέραιο με σκηνές κυρίως του χριστολογικού κύκλου. Από τα θέματα του δεύτερου στρώματος ξεζωρίζουν η σπάνια αναπαράσταση της Προσκύνησης των Μάγων, η παράσταση του «Ειρήνη Υμίν» και η μεγάλη παράσταση της Δευτέρας Παρουσίας.
Πηγή: Νικολέττα Πύρρου, Οι τοιχογραφίες του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στον Κισσό Αγίου Βασιλείου, Πρακτικά του Διεθνούς Επιστημονικού Συνεδρίου Η Επαρχία Αγίου Βασιλείου από την Αρχαιότητα μέχρι σήμερα. Περιβάλλον – Αρχαιολογία – Ιστορία – Κοινωνία (Σπήλι – Πλακιάς 19-23 Οκτωβρίου 2008), τόμος Β΄, Βυζαντινοί Χρόνοι – Βενετοκρατία, Ρέθυμνο 2014.