Τα μοναστήρια που ιδρύθηκαν και λειτούργησαν στην επαρχία Σφακίων από την Α' Βυζαντινή Περίοδο μέχρι τα τέλη της Οθωμανικής Εποχής δεν είναι γνωστά στο σύνολο τους και οι σποραδικές πληροφορίες που έχουν διασωθεί δεν επαρκούν για να σχηματίσει κανείς το μοναστηριακό χάρτη της συνδεδεμένης με ηρωισμούς και επαναστάσεις επαρχίας. Τα μέχρι σήμερα στοιχεία μιλούν για μοναστήρια που λειτούργησαν και ήκμασαν μόνο κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας και αυτά δεν φαίνεται να ήταν ιδιαίτερα μεγάλα. Το πιο γνωστό απ' αυτά είναι το Μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής, ιερός χώρος και προσκύνημα ελευθερίας όχι μόνο για την επαρχία Σφακίων, αλλά και για ολόκληρη την Κρήτη.
Ναός Παναγίας Κεράς στην Αγία Ρουμέλη 
Ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία είναι η Παναγία η Κερά που βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς, στη θέση που πιθανώς υπήρχε ναός της πόλης Τάρρα (1ος αιώνας μ.Χ.). Ο πρώτος ναός ήταν τρίκλιτη βασιλική και σήμερα αυτό που βλέπουμε είναι η Βυζαντινή εκκλησία που κτίστηκε στη θέση της παλαιότερης.
Στο ορεινό δασικό χωριό Άγιος Ιωάννης Σφακίων συναντάμε το εκκλησάκι της Παναγίας που γιορτάζει την ημέρα της κοιμήσεως της Θεοτόκου στις 15 Αυγούστου. Βρίσκεται στις παρυφές του μεγάλου δάσους του Αγίου Ιωάννη και είναι απέναντι ακριβώς από το εκκλησάκι του Αγίου Ιωάννη που δίνει και το όνομα του στο χωριό.
Λίγο ανατολικά από τη Χώρα Σφακίων, στο Σφακιανό Αμμούδι στην άκρη της θάλασσας βρίσκεται ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους. Ο Άγιος Χαράλαμπος των Σφακίων είναι ένας τυπικός σπηλαιώδης ναός από τους πολλούς που συναντάμε στην ακτογραμμή και στην ενδοχώρα των Σφακίων.
Στο κέντρο του ιστορικού χωριού Βουβάς Σφακίων πάνω στον κεντρικό δρόμο δεσπόζει ο χιλιόχρονος ναός της Αγίας Παρασκευής. Η Αγία Παρασκευή είναι η παλαιότερη εκκλησία όλης της κοινότητας και υπήρξε κατάγραφη αιώνες πριν από όμορφες αγιογραφίες. Σήμερα από τις αγιογραφίες αυτές σώζεται μονάχα ένα μικρό τους τμήμα το οποίο όμως είναι αρκετό να μαρτυρήσει την ποιότητα και την τέχνη τους.
Βρίσκεται πολύ κοντά στο δρόμο και νοτιοανατολικά του χωριού σε μία χαρακτηριστικά έρημη από βλάστηση περιοχή γεμάτη μικρά και μεγάλα σπήλαια που φέρνουν στο νου την έρημο που έζησε ο Άγιος Ονούφριος. Από το εκκλησάκι ξεκινά ένα μικρό φαραγγούλι που καταλήγει σε μία απόκρημνη παραλία.
Ο ναός του Αγίου Νικήτα (13ος αιώνας), που λειτούργησε κι ως μονή, βρίσκεται περίπου 300μ. ΒΑ του Φραγκοκάστελου, πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα. Στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών σε κακή κατάσταση.
Στο κοιμητήριο του χωριού Καψοδάσος Σφακίων, στην έξοδο του επιβλητικού φαραγγιού του Καλλικράτη, είναι κτισμένος ο λιτός μονόχωρος ναός του Αγίου Αθανασίου. Παρόλο που το εξωτερικό του θυμίζει νεότερο ναό, το κτίριο χρονολογείται στον 14ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει πολύ παλιές τοιχογραφίες.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται πάνω από το ερειπωμένο πλέον χωριό Κολοκάσια των Σφακίων κοντά στο Φραγκοκάστελο, στην έξοδο του φαραγγιού του Ασφένδου. Ο ναός αυτός δίνει το σημερινό επίσημο όνομά του στον οικισμό.
