Ο μεγαλοπρεπής τρίκλιτος Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στα Μέσα Μουλιανά βρίσκεται στο άκρο του χωριού και αποτελεί το αποτέλεσμα διαδοχικών παρεμβάσεων στον αρχικό μεσοβυζαντινό μονόκλιτο ναό με τρούλο. Κατά την Ενετοκρατία ο ναός επεκτάθηκε με την προσθήκη του κλίτους του Αγίου Χαραλάμπους στα νότια, ενώ τον 19ο αιώνα τα δύο κλίτη επεκτάθηκαν προς τα δυτικά και προστέθηκε το κλίτος της Αγίας Τριάδας στα βόρεια.
Εκτός από το εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο πάνω από το κεντρικό κλίτος, ο ναός στο εσωτερικό διασώζει στο ιερό τοιχογραφικό διάκοσμο του 14ου αιώνα. Μπορούμε να διακρίνουμε τη Δέηση και πέντε ιεράρχες με κλειστά ιερά βιβλία. Διακρίνεται επίσης ο Άγιος Ιάκωβος που συνοδεύει τους ιεράρχες ντυμένος με στολή αποστόλου.