Η πολύ ήρεμη περιοχή του Μακρύγιαλου με τις έυφορες πεδιάδες και την απάνεμη παραλία δε θα μπορούσε να αγνοηθεί από τους Μινωίτες, που άφησαν σημαντικά ίχνη κατοίκησης. Το κυριότερο εύρημα είναι μια αγροτική έπαυλη, μια μικρογραφία ανακτόρου, στην τοποθεσία Πλακάκια, πάνω από την παραλία του Καλαμοκανιά, που εντοπίστηκε το 1971 από τον αρχαιολόγο Κώστα Δαβάρα.
Η έπαυλη χρονολογείται το 1480-1425πΧ και πιθανώς ήταν κέντρο ελέγχου του εμπορίου της πεδιάδας του Μακρύγιαλου και του λιμανιού. Καταστράφηκε από πυρκαγιά. Η έπαυλη είχε μεγάλη κεντρική αυλή, πλακόστρωτα δάπεδα, ισχυρούς εξωτερικούς τοίχους, άλλες αυλές, δωμάτια, ιερό, και ένα χώρο που ίσως λατρευόταν ένα ιερό φοινικόδεντρο, όπως φαίνεται από σφραγίδα που βρέθηκε στα ερείπια.