Ο Ιδομενέας, γιος του Δευκαλίωνα και εγγόνι του Μίνωα, ήταν βασιλιάς της Κρήτης που μαζί με το φίλο του και συγγενή του Μηριόνη πήρε μέρος στον Τρωικό Πόλεμο, οδηγώντας πάνω από 80 πλοία με Κρητικούς πολεμιστές από την Κνωσό, τη Γόρτυνα, τη Λύκτο, τη Μίλητο, τη Λύκαστο, το Ρύτιο και τη Φαιστό. Τα 80 πλοία είναι σχετικά λίγα ανάλογα με το πλήθος των Κρητικών πόλεων, όμως τα χρόνια της μινωικής θαλασσοκρατίας είχαν περάσει ήδη. Άλλα κράτη πιο ισχυρά είχαν σχηματιστεί, όπως του Αγαμέμνονα στις Μυκήνες, ο οποίος είχε αναγνωριστεί κι ως αρχηγός της εκστρατείας.
Ο Τρωικός Πόλεμος και η συμμετοχή του Ιδομενέα σε αυτόν μπορεί να θεωρηθεί ως η τελευταία πράξη του Μινωικού Κράτους, που έγινε 100 χρόνια μετά το Μίνωα, σύμφωνα με τον Ηρόδοτο. Στα δέκα χρόνια που κράτησε ο πόλεμος, ο βασιλιάς Ιδομενέας ξεχώρισε και ανδραγάθησε. Κι όταν τελείωσε ο πόλεμος, γύρισε με το στρατό του στην Κρήτη χωρίς να πάθει τίποτα. Στο διάστημα όμως των δέκα ετών που έλειπε είχαν συμβεί στην Κρήτη μεγάλες αναταραχές, εμφύλιοι πόλεμοι και οικογενειακές μάχες κι όταν γύρισε έβαλε τάξη. Όταν πέθανε ο Ιδομενέας, τάφηκε στην Κνωσό κι έδειχναν τον τάφο του μαζί με αυτόν του συντρόφου του Μηριόνη ακόμη και στα πρόσφατα ιστορικά χρόνια.
Σύμφωνα όμως με το Βιργίλιο ο νόστος (επιστροφή) του Ιδομενέα κάθε άλλο παρά εύκολη ήταν, καθώς το πλοίο του κινδύνευσε από τρικυμία, Τότε ο Ιδομένεας παρακάλεσε τον Ποσειδώνα, το θεό της θάλασσας, να ηρεμήσει τη θάλασσα κι όταν φτάσει στην Κρήτη θα θυσίαζε τον πρώτο άνθρωπο που θα έβλεπε προς τιμή του. Πράγματι η θάλασσα ηρέμησε κι ο Ιδομενέας έφτασε στην Κρήτη, αλλά ο πρώτος που αντίκρυσε ήταν ο γιος του. Απέφυγε τότε να εκτελέσει τη θυσία και η οργή των θεών προκάλεσε μεγάλες αρρώστιες στους Κρητικούς, που τελικά αποφάσισαν να εξορίσουν το βασιλιά τους για να σωθούν. Κατά μια άλλη εκδοχή, εκτέλεσε τη θυσία του γιου του και τότε οι εξαγριωμένοι θεοί προκάλεσαν λοιμό, μέχρι που εξορίστηκε ο Ιδομενέας από τους Κρητικούς.
«Όλοι οι Κρητικοί είναι ψεύτες»
Υπάρχει μια πανάρχαια παροιμία που λέει ότι όλοι οι Κρητικοί είναι ψεύτες, η οποία συνδέεται με τον Ιδομενέα. Σύμφωνα με τη μυθολογία λοιπόν, κάποτε η Θέτις και η Μήδεια διεκδικούσαν το βραβείο της ομορφιάς και επέλεξαν ως κριτή τον Ιδομενέα. Ο βασιλιά των Κρητών τότε έχρισε νικήτρια τη Θέτιδα, προκαλώντας την έκρηξη της Μήδειας, λέγοντας ότι «όλοι οι Κρήτες είναι ψεύτες» και η οποία καταρράστηκε τη γενιά του Ιδομενέα να μην λέει ποτέ την αλήθεια. Η ίδια φράση αναφέρεται και στο παράδοξο του Επιμενίδη, αλλά και από τον Απόστολο Παύλο (Κρῆτες ἀεὶ ψεῦσται)