Το Σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται βόρεια του χωριού Πατσός Αμαρίου, μέσα στο πανέμορφο καταπράσινο Φαράγγι της Πατσού (γνωστός κι ως Φαράγγι Αγίου Αντωνίου). Είναι γνωστό κι ως Σπήλαιο του Κραναίου Ερμή, καθώς αποτελούσε ιερό λατρείας του Κραναίου Ερμή, όπως προκύπτει από την αναθηματική επιγραφή "Ερμή Κραναίω, Δώρος Στεφάνω ευχήν".
Σήμερα στο σπήλαιο η λατρεία του Ερμή έχει δώσει τη θέση της στο όμορφο εκκλησάκι του Αγίου Αντωνίου, του αγίου των σπηλαίων και προστάτη των παιδιών. Εντύπωση προκαλούν τα εκατοντάδες μικροσκοπικά χαρτάκια με ευχές πιστών που είναι τοποθετημένα όπου υπάρχει τρύπα στο βράχο. Το νερό που στάζει από την οροφή του σπηλαίου συγκεντρώνεται σε δοχείο και θεωρείται «αγίασμα». Το σπήλαιο, όπως και το φαράγγι, είναι πολύ εύκολα επισκέψιμα καθώς έχουν διαμορφωθεί μονοπάτια με διάφορες αισθητικές επεμβάσεις της Διεύθυνσης Δασών. Περίπου 300 μέτρα μακρύτερα προς τα νότια βρίσκεται ένα δεύτερο μικρό σπήλαιο, η Φουρναρέ.
Το 1885-6 έγιναν κάποιες ανασκαφές από τον F. Halbherr, στο χώρο που βρίσκεται σήμερα το εκκλησάκι. Τα ευρήματα ήταν ανθρωπόμορφα και ζωόμορφα ειδώλια, τα οποία και βρίσκονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου. Το 1894 βρέθηκαν και άλλα ευρήματα τα οποία πουλήθηκαν στον Arthur Evans και βρίσκονται στο Μουσείο της Οξφόρδης. Οι πλέον πρόσφατες ανασκαφές έγιναν το 1989 κι έδειξαν ότι η μινωική λατρεία ετελείτο κυρίως στο χώρο της βραχοσκεπής και βρέθηκαν οστά ζώων που είχαν τεθεί στην πυρά, όπως επίσης και αγγεία-ειδώλια. Στις ίδιες ανασκαφές, τέλος, βρέθηκε ένα αγαλματίδιο του μυθικού θεού Πάνα.