Οι ναοί στις Τρεις Εκκλησιές
Οι Τρεις Εκκλησιές είναι ένας μικρός οικισμός σε μια από τις πλέον εντυπωσιακές περιοχές των Αστερουσίων, στην οποία καταλήγει ασφαλτοστρωμένος δρόμος με εντυπωσιακές φουρκέτες από το χωριό Παράνυμφοι. Ο σημερινός επισκέπτης έχει σήμερα την ατυχία να αντικρίζει μια μικρή τσιμεντούπολη με κακόγουστες αυθαίρετες κατασκευές που σε καμία περίπτωση δε θυμίζουν τα λιτά σπιτάκια που υπήρχαν εδώ πριν φτάσει ο δρόμος. Παρόλη την πικρή αρχική εντύπωση που δίνουν οι τσιμεντομαχαλάδες, για να ξεχαστεί αυτή η άσχημη εικόνα αρκεί κάποιος να στρέψει το βλέμμα του στη θάλασσα και να αντικρίσει την πολύ όμορφη παραλία που εκτείνεται δυτικά από το ακρωτήριο Μπουρούνι ως τον υπόλευκο βράχο του Κωλοβρέχτη και ακόμη πιο δυτικά.
Ο οικισμός έχει μεγάλη ιστορία και αρκεί μια βόλτα μέσα στα άναρχα στενά του για να το αντιληφθεί κανείς. Τα πολλά αρχαιολογικά ευρήματα και οι ναοί του υποδεικνύουν ότι εδώ υπήρχε κάποιο σημαντικό επίνειο κατά την αρχαιότητα, ίσως η αρχαία πολη Μαρκέλλα.
Ο Ναός της Παναγίας
Το όνομα του το χωριό το παίρνει από τους τρεις Βυζαντινούς ναούς που υπήρχαν εδώ και χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα, τότε που τα απομονωμένα Αστερούσια Όρη αποτέλεσαν ένα από τα σημαντικότερα ερημητήρια της Κρήτης. Ο κεντρικός ναός είναι αυτός της Παναγίας δίπλα στην παραλία και είναι αφιερωμένος στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Αποτέλεσε καθολικό μικρής μονής που λειτούργησε έως το 1995, όταν απεβίωσε ο τελευταίος μοναχός Ευμένιος Χαριτάκης (1921-1995). Έκτοτε ο ναός ανήκει στην ενορία των Τριών Εκκλησιών, της οποίας ο ιερέας διαμένει στο παλιό ηγουμενείο.
Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιοχριστιανικής βασιλικής μεγαλύτερων διαστάσεων, ίχνη από την οποία διασώζονται γύρω από το ναό, ενώ σε ειδικό χώρο φυλάσονται αρχιτεκτονικά μέλη αρχαίων κτισμάτων. Στο εσωτερικό του διακρίνονται ίχνη τοιχογραφιών. Γύρω από το ναό υπάρχει δασάκι με πεύκα, κάποια κτίσματα του μοναστηριού, όπως και ο εντυπωσιακός ξυλόφουρνος. Μέρος των μοναστηριακών εδαφών παραχωρήθηκαν από τον ηγούμενο Ευμένιο σε ντόπιους, οι οποίοι έκτισαν αργότερα οικίες.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου
Λίγα μέτρα παραπάνω συναντάμε τον ναό του Αγίου Γεωργίου, ο οποίος ήταν κατάγραφος, αλλά δυστυχώς οι τοιχογραφίες του έχουν υποστεί τεράστια καταστροφή από τους κατοίκους που αποφάσισαν να σοβαντίσουν το ναό και κτύπησαν ανεπανόρθωτα τις τοιχογραφίες για να «πιάσει» καλύτερα το κονίαμα. Στο εξωτερικό του ναού σώζονται δύο μαρμάρινες Ρωμαϊκές κολώνες που πιστοποιούν την σπουδαιότητα του αρχαίου οικισμού που υπήρχε εδώ.
Ο ναός του Αφέντη Χριστού
Λίγα μέτρα πριν από την είσοδο του χωριού συναντάμε και το ναό του Αφέντη Χριστού αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος. Ο μικρός μονόχωρος ναός είναι κι αυτός κτισμένος στη θέση παλαιοχριστιανικής βασιλικής, ίχνη από την οποία φαίνονται τριγύρω. Στο εσωτερικό του φέρει ακόμη ασβεστωμένες τοιχογραφίες που περιμένουν τους αρχαιολόγους για να τις αναδείξουν.
