Η επαρχία Κυδωνίας φιλοξένησε ένα μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ερημητηρίων. Ειδικότερα στο αφιλόξενο και απομονωμένο Ακρωτήρι δεκάδες ασκητές ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο σε σπήλαια, ακολουθώντας τα βήματα του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη. Σε αντίθεση με το Ακρωτήρι, η εύφορη πεδιάδα γύρω από τα Χανιά φιλοξένησε πολλά οργανωμένα μετόχια και μονές με μεγάλες εκτάσεις ελαιώνων και αμπελώνων.
Μονή Καθολικού στο Ακρωτήρι 
Η Μονή Καθολικού βρίσκεται 20km βορειοανατολικά των Χανίων, κοντά στη βόρεια ακτή του Ακρωτηρίου. Είναι κτισμένο κοντά στην έξοδο του φαραγγιού Αυλάκι, σε μικρή απόσταση από τη θάλασσα.
Το άγνωστο στους πολλούς μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου στο Ακρωτήρι, έρημο σήμερα, βρίσκεται κοντά στη Μονή Γουβερνέτου, από όπου ξεκινάει το μονοπάτι. Το μοναστηριακό συγκρότημα με το σπηλαιώδη ναό του Αγίου Αντωνίου ήταν εξαίσιας αρχιτεκτονικής, αλλά σήμερα υπομένει την εγκατάλειψη και έχει αφεθεί στα χέρια των βοσκών που το χρησιμοποιούν ως στάνη!
Η μονή του Αγίου Ιωάννη του Ελεήμονα βρίσκεται πολύ κοντά στο αεροδρόμιο Χανίων, νότια του οικισμού Παζινός ή Γκαγκαλάδο. Η μονή, που λειτούργησε ως μετόχι της μονής Γουβερνέτου, ήταν οχυρωμένη και ο οχυρωματικός περίβολος σώζεται σε εξαιρετική κατάσταση.
Πριν να οχυρωθεί η σημερινή νησίδα της Σούδας, το νησάκι φιλοξενούσε το Καθολικό μοναστήρι του Αγ. Νικολάου και γι' αυτό λεγόταν Φραρονήσι (Φράροι ή Φλώροι είναι οι καθολικοί μοναχοί). Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Νικολάου υπάρχει ακόμη στο νησί και είναι επισκέψιμος.
Η ερειπωμένη Μονή του Αγίου Γεωργίου Μορμόρη βρίσκεται κοντά στο χωριό Νεροκούρου Χανίων και χρονολογείται πριν από το 1637. Η μονή, που κάποτε είχε μεγάλη περιουσία, είναι μετόχι της Μονής Γουβερνέτου κι έχει ανακηρυχθεί διατηρητέο μνημείο.
Το ερειπωμένο μοναστήρι του Αγίου Ελευθερίου στις Μουρνιές αποτελεί μετόχι της μονής Χρυσοπηγής και βρίσκεται δίπλα στο Γενικό Νοσοκομείο Χανίων, ανάμεσα σε ελαιώνες, σπίτια κι ένα σχολείο. Εδώ βαφτίστηκε ο Ελευθέριος Βενιζέλος.
Σε πολύ μικρή απόσταση από το καταπράσινο χωριό Περιβόλια Χανίων βρίσκεται το έρημο σήμερα μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου Χαρωδιάς. Σε απόσταση αναπνοής από την πόλη των Χανίων το μοναστήρι με το παράξενο αυτό όνομα, παραμένει παντελώς άγνωστο στον πολύ κόσμο.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στο Θέρισο Χανίων. Είναι δίκλιτος ναός του 1555, με το δεύτερο κλίτος του αφιερωμένο στον Άγιο Χαράλαμπο με πολύ ενδιαφέρουσες αγιογραφίες.
