Η Παλαιοχριστιανική βασιλική της Παναγίας βρίσκεται μόλις 50μ μακριά από την παραλία της Λισσού και το ιερό της βήμα έφερε κυκλοτερή αψίδα, από την οποία δε σώζεται το σύνθρονο. Μπροστά από την αψίδα διατηρείται η βάση της αγίας τράπεζας, ενώ σε βάθος 60 εκατοστών διατηρείται σε σχετικά καλή κατάσταση το ψηφιδωτό δάπεδο.
Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος σε αγροτική περιοχή βορειοανατολικά της Μονής Σελίνου. Το αρχαιότερο ανατολικό του τμήμα κτίσθηκε στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου ναού με τυφλά αψιδώματα στους πλαϊνούς τοίχους.
Ο κατάγραφος ναός του Αγίου Ισιδώρου είναι κτισμένος σε πλατωμα μικρού λόφου στη μικρή γειτονιά Τζιναλιανά στο Κακοδίκι Σελίνου. Ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου. Στις παραστάδες της εισόδου είναι εντοιχισμένα δύο τμήματα από αρχαίο δωρικό επιστύλιο.
Ο ναός της Παναγίας στη Σκλαβοπούλα Σελίνου ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκέπαστου και είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Στο εσωτερικό του φέρει τοιχογραφίες που χρονολογούνται στο πρώτο μισό του 14ου αιώνα και αποδίδονται σε πολύ ικανό αγιογράφο που εισάγει στην Κρήτη τις εξελίξεις της Παλαιολόγειας τεχνοτροπίας.
Βόρεια του οικισμού της Σούγιας σώζεται ο ναός της Αγίας Ειρήνης στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου με τρούλο, στον οποίο προστέθηκε σε δεύτερη φάση καμαροσκέπαστος νάρθηκας που σώζεται σε μια όψιμη ανακατασκευή του θόλου του. Ο αρχικός ναός χρονολογείται στον 13ο αιώνα και τα αρχιτεκτονικά του χαρακτηριστικά συνδέονται με την παράδοση της Ελλαδικής Σχολής
Ο ναός του Προφήτη Ηλία στη γειτονιά Τραχινιάκος της Κανδάνου βρίσκεται στο μικρό κοιμητήριο του οικισμού. Όπως στις περισσότερες Βυζαντινές εκκλησίες της επαρχίας Σελίνου, η εξωτερική λιτή εμφάνιση δεν προϊεδεάζει για την πλούσια εσωτερική εικονογράφηση με αγιογραφίες, οι οποίες χρονολογούνται στον 14ο αιώνα.
Κάτω από το σωζόμενο ναό του Αγίου Παντελεήμονα στη Σούγια Σελίνου σώζονται λείψανα τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με νάρθηκα μήκους 20,80μ και πλάτους 12.40μ, η οποία έχει ανασκαφεί από τον ακαδημαϊκό Α. Ορλάνδο.