Στο κέντρο του ιστορικού χωριού Βουβάς Σφακίων πάνω στον κεντρικό δρόμο δεσπόζει ο χιλιόχρονος ναός της Αγίας Παρασκευής. Η Αγία Παρασκευή είναι η παλαιότερη εκκλησία όλης της κοινότητας και υπήρξε κατάγραφη αιώνες πριν από όμορφες αγιογραφίες. Σήμερα από τις αγιογραφίες αυτές σώζεται μονάχα ένα μικρό τους τμήμα το οποίο όμως είναι αρκετό να μαρτυρήσει την ποιότητα και την τέχνη τους.
Βρίσκεται πολύ κοντά στο δρόμο και νοτιοανατολικά του χωριού σε μία χαρακτηριστικά έρημη από βλάστηση περιοχή γεμάτη μικρά και μεγάλα σπήλαια που φέρνουν στο νου την έρημο που έζησε ο Άγιος Ονούφριος. Από το εκκλησάκι ξεκινά ένα μικρό φαραγγούλι που καταλήγει σε μία απόκρημνη παραλία.
Ανάμεσα στα θερμοκήπια του Φραγκοκάστελου συναντάμε το εγκαταλελειμμένο σήμερα μονύδριο του Αγίου Χαραλάμπους με τη λαμπρή όμως ιστορία. Λέγεται ότι στο χώρο της μονής εγκαταστάθηκαν το 1821 οι μοναχοί Γρηγόριος και Μαγδαληνή, αν και πιστεύεται ότι η μονή ήταν πολύ παλαιότερη.
Στο κοιμητήριο του χωριού Καψοδάσος Σφακίων, στην έξοδο του επιβλητικού φαραγγιού του Καλλικράτη, είναι κτισμένος ο λιτός μονόχωρος ναός του Αγίου Αθανασίου. Παρόλο που το εξωτερικό του θυμίζει νεότερο ναό, το κτίριο χρονολογείται στον 14ο αιώνα και στο εσωτερικό του φέρει πολύ παλιές τοιχογραφίες.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται πάνω από το ερειπωμένο πλέον χωριό Κολοκάσια των Σφακίων κοντά στο Φραγκοκάστελο, στην έξοδο του φαραγγιού του Ασφένδου. Ο ναός αυτός δίνει το σημερινό επίσημο όνομά του στον οικισμό.
Ο μικρός μονοχωρος καμαροσκέπαστος ναός της Οσίας Μαρίας της Αιγυπτίας βρίσκεται στον έρημο οικισμό της Σαμαριάς, μέσα στο ομώνυμο φαράγγι, και σε σημείο που οδηγεί σύντομο μονοπάτι. Σύμφωνα με μια από τις εκδοχές, το όνομά του φαραγγιού της Σαμαριάς προέρχεται από την παραφθορά του ονόματος της Οσίας Μαρίας.
Ανάμεσα στο Λουτρό Σφακίων και τη διάσημη παραλία Γλυκά Νερά συναντάμε το ασβεστοβαμμένο ξωκλήσι του Τιμίου Σταυρού, με μεγάλα τραπέζια που μαρτρούν ότι εδώ γίνεται μεγάλο πανηγύρι στις 14 Σεπτεμβρίου κάθε χρόνο. Στο σημείο του ναού υπήρξε μικρό φρούριο.
Στο ορεινό δασικό χωριό Άγιος Ιωάννης Σφακίων συναντάμε το εκκλησάκι της Παναγίας που γιορτάζει την ημέρα της κοιμήσεως της Θεοτόκου στις 15 Αυγούστου. Βρίσκεται στις παρυφές του μεγάλου δάσους του Αγίου Ιωάννη και είναι απέναντι ακριβώς από το εκκλησάκι του Αγίου Ιωάννη που δίνει και το όνομα του στο χωριό.