Η αρχαία πόλη Άπτερα ιδρύθηκε τον 8ο αιώνα π.Χ. σε μια πανοραμική θέση που ελέγχει τον κόλπο της Σούδας και γνώρισε την ακμή της στα Ελληνιστικά χρόνια. Εγκαταλείφθηκε τα Αραβικά χρόνια, όταν καταστράφηκε από τους πειρατές. Η πόλη είχε ως επίνεια της το Μαράθι και τις σημερινές Καλύβες, σπουδαία λιμάνια που την έκαναν ένα από τα σπουδαιότερα εμπορικά κέντρα της Κρήτης, αν όχι το σπουδαιότερο.
Σύμφωνα με την παράδοση, πήρε το όνομα της από τις Σειρήνες, όταν αυτές έχασαν τα φτερά τους λόγω της ήττας τους σε ένα μουσικό αγώνα με τις Μούσες. Ωστόσο, προφανώς πήρε το όνομα της από την Απτέρα Άρτεμη που λατρευόταν στην περιοχή, όπως φαίνεται κι από τα νομίσματα της πόλης.
Η πόλη ήταν οχυρωμένη με ισχυρό τείχος, μεγάλο τμήμα (4 χλμ) του οποίου σώζεται και σήμερα. Στα Άπτερα έχει εντοπιστεί ναός του 5-4ου αιώνα π.Χ., Ρωμαϊκές θολωτές δεξαμενές, μεγάλο λαξευτό θέατρο, βουλευτήριο και κοντινή νεκρόπολη. Τα διάφορα ευρήματα περιλαμβάνουν διάφορα αγγεία, νομίσματα, ειδώλια, επιγραφές και γλυπτά.
Οι Απτεραίοι ήταν δεινοί τοξότες και πολεμούσαν ως μισθοφόροι σε διάφορες περιοχές εκτός Κρήτης, φέρνοντας πλούτο στον τόπο τους. Η εισαγωγή της πολύτιμης πρώτης ύλης, που ήταν ο άργυρος, από τους μισθοφόρους, έδινε στην πόλη την δυνατότητα να κόψει τα δικά της νομίσματα. Τα νομίσματά της ήταν περίτεχνα και απεικόνιζαν συνήθως, στην κύρια όψη τη θεά Άρτεμη και από την άλλη, τον ιδρυτή της πόλης βασιλιά Απτέρα, ενώ άλλοι τύποι τον Απόλλωνα ή την Ήρα και πυρσό, μέλισσα ή τόξο.