Η Πύλη Παντοκράτορα, γνωστή περισσότερο ως Χανιώπορτα, βρίσκεται σε ένα από τα κεντρικότερα σημεία του Ηρακλείου και αποτελούσε την έξοδο προς την δυτική Κρήτη. Από έναν ενιαίο χώρο εσωτερικά της πύλης ξεκινούν δυο αψιδωτές στοές με διαφορετικές εισόδους, η μια που οδηγούσε στα δυτικά και η άλλη (στρατιωτική στοά) στη νότια χαμηλή πλατεία του προμαχώνα του Παντοκράτορα.
Η Πύλη Βηθλεέμ βείσκεται στην δυτική πλευρά των Ενετικών Τειχών του Ηρακλείου και είχε στρατιωτικό χαρακτήρα. Οδηγούσε στην βόρεια χαμηλή πλατεία του Προμαχώνα Βηθλεέμ, όπου υπήρχαν τα κανόνια που προστάτευαν τον προμαχώνα του Παντοκράτορα.
Στη νότια πλευρά των Ενετικών Τειχών, στη σημερινή οδό Έβανς, είχε κατασκευαστεί από το 1587 η πύλη του Ιησού ή Καινούργια Πόρτα. Από την πύλη αυτή έφευγαν όσοι κατευθύνονταν προς τις νότιες επαρχίες του νομού. Από εδώ επίσης έμπαινε στο Ηράκλειο, ο αγωγός που τροφοδοτούσε με νερό την πόλη.
Η στοά Μακάσι (που σημαίνει «κλειδούχος» στα Τουρκικά) βρίσκεται ήταν στρατιωτική πύλη στα Ενετικά Τείχη Ηρακλείου, η οποία είχε μήκος 110 μέτρα. Η στοά οδηγεί στην ανατολική χαμηλή πλατεία του Μαρτινέγκο, όπου υπήρχαν τα κανόνια που προστάτευαν τον προμαχώνα Βηθλεέμ.
Η Πύλη της Άμμου (Σαμπιονάρα) βρίσκεται στη βορειοδυτική πλευρά του προμαχώνα Sabionara. Οδηγούσε από την παραλία ανατολικά του λιμανιού στο εσωτερικό της πόλης.
Η πύλη του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στην ανατολική πλευρά των Τειχών, εκεί που είναι σήμερα το άγαλμα του Ελευθέριου Βενιζέλου. Από την πύλη αυτή η πόλη επικοινωνούσε με την ανατολική Κρήτη και το λοιμοκαθαρτήριο (λαζαρέτο) γι’αυτό είναι και γνωστή ως Πύλη Λαζαρέτο. Άλλη ονομασία ήταν Πύλη Μαρουλά, καθώς οδηγούσε στη συνοικία του Μαρουλά, κοντά στο σημερινό σχολείο του Καπετανάκειου.
Η Πύλη του Δερματά βρίσκεται περίπου στη μέση του παράκτιου τείχους του Χάνδακα, στη θέση του σημερινού Μποδοσάκειου Σχολείου, και ένωνε την εντός των τειχών πόλη με τη θάλασσα. Ουσιαστικά λειτουργούσε ως εφεδρική σε περίπτωση αποκλεισμού του στομίου του κεντρικού λιμανιού.
Η πύλη του Αγίου Ανδρέα βρισκόταν στη βορειοδυτική πλευρά του προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα. Η πύλη δυστυχώς καταστράφηκε στις αρχές του 20ου αιώνα για τη διάνοιξη της παραλιακής λεωφόρου του Ηρακλείου, τότε που τα μνημεία δεν είχαν καμία αξία για τους άρχοντες του τόπου. Σήμερα διακρίνουμε μόνο το νότιο τμήμα της καμάρας της.