Ναός του Αγίου Παύλου Καλών Λιμένων
Λίγα μέτρα δυτικά των Καλών Λιμένων βρίσκεται το νεότερο εκκλησάκι του Αποστόλου Παύλου, το οποίο κτίστηκε το 1911 πάνω στα ερείπια Παλαιοχριστιανικής Εκκλησίας, η οποία είχε κτιστεί στο σημείο αυτό προς τιμήν του Αποστόλου Παύλου που σταμάτησε στους Καλούς Λιμένες κατά το ταξίδι του στη Ρώμη. Παραδίπλα υπάρχει μικρό σπήλαιο που σύμφωνα με την παράδοση διέμεινε δύο έτη. Πράγματι, ο ίδιος ο Παύλος αναφέρει στις Πράξεις ότι αποβιβάστηκε στους Καλούς Λιμνιώνες, αλλά θεωρείται απίθανο να έμεινε στην περιοχή για τόσο πολύ καιρό.
Είναι τόσο μεγάλη η θρησκευτική σημασία του ναού αυτού, καθώς ακόμη και ο ίδιος ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος Α' επισκέφτηκε τους Καλούς Λιμένες στις 15 Νοεμβρίου 1992 και στις 16 Οκτωβρίου 2008.
“Eν ικαναίς δε ημέραις βραδυπλοούντες και μόλις γενόμενοι κατά την Κνίδον, μη προσεώντος ημάς του ανέμου, υπεπλεύσαμεν την Κρήτην κατά Σαλμώνην, μόλις τε παραλεγόμενοι αυτήν ήλθομεν εις τόπον τινά καλούμενον Καλούς Λιμένας, ώ εγγύς ήν πόλις Λασαία.” (Πράξεις 27, 7-8)
