Η επαρχία Αποκορώνου είναι διάσπαρτη από κατάγραφους ναούς, επιβλητικές εκκλησίες και έρημα ξωμονάστηρα. Η πλέον επιβλητική μονή, αναστηλωμένη πρόσφατα, βρίσκεται στο Καρύδι και είναι αφιερωμένη στον Άγιο Γεώργιο.
Το καθίδρυμα του Τιμίου Σταυρού «Άγιος Ραφαήλ» είναι άτυπο μικρό μοναστήρι στη θέση Τρία Καμαράκια, δίπλα στην Εθνική Οδό Χανίων - Ρεθύμνου, που έχει κυρίως φιλανθρωπικό χαρακτήρα. Στο χώρο υπάρχει τρίκλιτος ναός αφιερωμένος στους Νεομάρτυρες (Ραφαήλ, Νικόλαο και Ειρήνη), στον Τίμιο Σταυρό και στον Άγιο Εφραίμ.
Η Μονή του Αγίου Γεωργίου στο Καρύδι Αποκορώνου βρίσκεται περίπου 2km ανατολικά του Βάμου. Η μονή ήταν εγκαταλελειμμένη για πολλά χρόνια, αλλά αναστηλώθηκε το 1996 και λειτουργεί ξανά. Το μοναστήρι είναι το μοναδικό της επαρχίας Αποκόρωνα και αποτελεί το πιο ενδιαφέρον συγκρότημα λαϊκής αρχιτεκτονικής του νομού Χανίων.
Ο ναός του Αγίου Παύλου, ο οποίος δίνει το όνομά στο ομώνυμο χωριό της επαρχίας Αποκορώνου, κοντά στο Γαβαλοχώρι χρονολογείται στον 16ο αιώνα. Έχει αποκατασταθεί και στο εσωτερικό του δε σώζονται τοιχογραφίες. Στο χώρο έχει εντοπιστεί νεκροταφείο του 12ου αιώνα, γεγονός που υποδεικνύει ότι υπήρχε παλαιότερος ναός. Στο εσωτερικό υπάρχει σταυρός που φέρει την χρονολογία 1886.
Ο ναός του αγίου Ιωάννη του Ριγολόγου βρίσκεται λίγο έξω από το χωριό Στύλος Αποκορώνου στην περιοχή Πλατανάκια μέσα στον κάμπο του Στύλου. Είναι μονόχωρος και λιτός, χτισμένος το 1898 γιορτάζει δε στις 29 του Αυγούστου οπότε και γίνεται μεγάλο πανηγύρι.
Στην ευρύτερη περιοχή του Βάμου, στη θέση του βενετσιάνικου χωριού Καρύδι Καρτσομάδω και σε κοντινή απόσταση από τη Μονή του Αγίου Γεωργίου στο Καρύδι, σώζονται τα ερείπια της μικρής Μονής της Παναγίας στο Κατωμέρι.
Το αναστηλωμένο βυζαντινό μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται δίπλα στις Ρωμαϊκές δεξαμενές της αρχαίας πόλης Άπτερα. Θεωρείται ότι κτίστηκε τον 7ο αιώνα μ.Χ. ως μετόχι της Μονής Πάτμου, στην οποία παρέμεινε ως και το 1964, όταν ερημώθηκε οριστικά.
Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου στα Κυριακοσέλλια ανήκει στις σημαντικότερες εκκλησίες της Κρήτης καθώς οι τοίχοι της είναι προσεκτικά τοιχογραφημένοι. Αποτελεί ένα από τα καλύτερα παραδείγματα Βυζαντινής αρχιτεκτονικής στο νησί. Είναι πολύ πιθανόν να είναι αφιερωμένος στον Νικόλαο Στουδίτη που καταγόταν από τα Χανιά και όχι στον Άγιο Νικόλαο τον εκ Λυκίας.
Στους Αγίους Πάντες Φρε υπάρχει η ομώνυμη βυζαντινή εκκλησία των Αγίων Πάντων. Ο ναός, ενώ φαίνεται τρίκλιτη βασιλική με μικρότερο μεσαίο κλίτος, είναι σταυροειδούς ρυθμού και έχει μεγάλο κυλινδρικό θόλο.