Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου βρίσκεται στην κεντρική πλατεία του χωριού Αρμένοι Αποκορώνου. Ο ναός κτίστηκε τον 16ο αιώνα στη θέση παλαιότερου ναού με τρούλο του 13ου αιώνα , ο οποίος με τη σειρά του ήταν κτισμένος στη θέση του κεντρικού κλίτους τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα. Η βασιλική πιθανότατα συνεχίζεται κάτω από τον κεντρικό δρόμο και από το διπλανό στο ναό κτίριο.
Από το ναό του 13ου αιώνα διασώζονται τοίχοι σε ύψος περίπου 2 μέτρων. Από τα ελάχιστα ίχνη του τοιχογραφικού διακόσμου ξεχωρίζουν τμήματα από ιεράρχες στο ιερό. Κάτω από το δάπεδο έχουν εντοπιστεί τάφοι και αρχιτεκτονικά μέλη της παλαιοχριστιανικής βασιλικής. Έχουν επίσης εντοπιστεί επίσης ίχνη από το μωσαικό δάπεδο του παλαιοχριστιανικού ναού, με σχέδια σηρικών τροχών κι παγωνιών που προσομοιάζουν με την βασιλική της Αλμυρίδας.