Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Ιωάννη Θεολόγου και Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος στην είσοδο του χωριού Στύλος της επαρχίας Αποκορώνου, το οποίο παραχωρήθηκε από τον Αλέξιο Β' Κομνηνό ως μετόχι στη Μονή Πάτμου (1180-1183). Ο ναός είναι ένα ιδιόμορφο κτίσμα, όπου δύο ξεχωριστοί ναοί έχουν ενωθεί σε ένα ενιαίο συγκρότημα. Οι δύο ναοί είναι κτισμένοι στο συνήθη αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου, καμαροσκέπαστου με οξυκόρυφη καμάρα και ο βόρειος νάρθηκας στο σπανιότερο τύπο του σταυρεπίστεγου με δίλοβο, τοξωτό παράθυρο. Στο εσωτερικό του ναού, αλλά και εξωτερικά περιμετρικά, αποκαλύφθηκαν ίχνη νεκροταφείου (σώζονται δύο αρκοσόλια) με σημαντικά ευρήματα αλλά και υπολείμματα της Μινωικής εποχής.
Το παλαιότερο τμήμα του συγκροτήματος είναι ο νότιος τοίχος του βορείου ναού του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, ο οποίος διασώζει τοιχογραφίες των μέσων του 13ου αιώνα, από τις οποίες διακρίνεται ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος στο οξυκόρυφο τυφλό αψίδωμα. Η καμάρα, ο βόρειος τοίχος και το ιερό ανακατασκευάστηκαν τον 15ο αιώνα. Ο βόρειος τοίχος διασώζει τοιχογραφία του Χριστού με αναφορά στη μοναχή Ευφροσύνη Δρακοντοπούλα. Ο σταυρεπίστεγος νάρθηκας προστέθηκε και τοιχογραφήθηκε το 1271-1280 από τη Μονή Πάτμου.
Ο νότιος ναός του Αγίου Νικολάου προστέθηκε κατά τον 15ο αιώνα και σύμφωνα με επιγραφή αφιερωτής του τοιχογραφικού διακόσμου ήταν ο μοναχός Νικόδημος. Στην αψίδα εικονίζονται συλλειτουργούντες ιεράρχες, ανάμεσά τους κι ο Άγιος Νικόλαος. Οι τοιχογραφίες ανήκουν σε ικανό ζωγράφο και χρονολογούνται στον 15ο αιώνα.
Εξωτερικά του ναού υπάρχει βράχος με τον απολιθωμένο σκελετό ενός σειρηνίου (Metaxytherium medium), ενός εξαφανισμένου είδους θαλάσσιου θηλαστικού που είναι συγγενές με τον ελέφαντα.