Η επαρχία Κυδωνίας φιλοξένησε ένα μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ερημητηρίων. Ειδικότερα στο αφιλόξενο και απομονωμένο Ακρωτήρι δεκάδες ασκητές ζούσαν τον αυστηρό μοναχικό τους βίο σε σπήλαια, ακολουθώντας τα βήματα του Οσίου Ιωάννη του Ερημίτη. Σε αντίθεση με το Ακρωτήρι, η εύφορη πεδιάδα γύρω από τα Χανιά φιλοξένησε πολλά οργανωμένα μετόχια και μονές με μεγάλες εκτάσεις ελαιώνων και αμπελώνων.
Μονή Σαρακήνα (Μετόχι Μεγίστης Λαύρας) 
Το μοναστηριακό σύμπλεγμα που είναι μετόχι της μονής Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους έχει χαρακτηριστεί ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Αποτελείται από νεώτερα κεραμόστεγα νεοκλασικά κτίσματα που περιβάλλουν το ανακατασκευασμένο στο 19ο αιώνα μονόχωρο κεραμοσκέπαστο καθολικό.
Το Σιναΐτικο μετόχι της Αγίας Τριάδας βρίσκεται ανάμεσα στα Περιβόλια και στις Μουρνιές Κυδωνίας και είναι ένα από τα 4 ανεξάρτητα μετόχια της μονής Σινά στην Κρήτη. Η μονή της Αγίας Τριάδας ιδρύθηκε κατά τη Β Βυζαντινή Περίοδο (πριν το 1204) και είχε αγροτικό χαρακτήρα, όπως μαρτυρούν οι χώροι της μονής (ελαιοτριβείο, αποθήκες προϊόντων, κλπ).
Στην περιοχή της Αγίας Κυριακής, πάνω σε βραχώδη λόφο κάτω από τα ερείπια του βυζαντινού κάστρου "Κάστελλος", έχουν ανεγερθεί τα νέα μοναστικά κτίσματα της Χρυσοπηγής. Στόχος ήταν η δημιουργία ενός συνόλου, όπου ο δομημένος και ο αδόμητος χώρος βρίσκονται σε ισορροπία, έτσι ώστε να αναδεικνύεται το φυσικό περιβάλλον και η εναρμονισμένη σχέση του με τα κτίσματα.
Η μονή της Αγίας Κυριακής βρίσκεται σε απόσταση 12km νοτιοδυτικά των Χανίων, κοντά στο Βαρύπετρο. Ως το 1992, η μονή ήταν ένα σύνολο από χαλάσματα, αλλά έκτοτε αναστηλώθηκε και πλέον αποτελεί ένα πανέμορφο μοναστήρι της Κρήτης.
Η Μονή Χρυσοπηγής βρίσκεται 3km νότια της πόλης των Χανίων. Ο ναός της ανήκει στο αγιορείτικο τρίκογχο με τρούλο και είναι αφιερωμένος στην Παναγία τη Ζωοδόχο Πηγή (εορτ. Παρασκευή του Πάσχα). Χιλιάδες πιστών συρρέουν στη μονή για να προσκυνήσουν τη θαυματουργή εικόνα της Παναγιάς.
Η Μονή Αγίου Ιωάννου Προδρόμου βρίσκεται στις Κορακιές Ακρωτηρίου, κοντά στο αεροδρόμιο των Χανίων. Είναι ένα ιστορικό γυναικείο μοναστήρι που είναι γνωστό στους Χανιώτες κι ως Μονή Καλογραιών.
Η Μονή Γουβερνέτου ή Γδερνέτου βρίσκεται 19χλμ βορειοανατολικά των Χανίων, στην βόρεια πλευρά του Ακρωτηρίου Χανίων και κοντά στην Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων. Η πρόσβαση γίνεται μέσω της μονής Αγίας Τριάδας, όπου και υπάρχει πινακίδα για το μοναστήρι.
Η Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων ή Μουρτάρων είναι ένα από τα πλουσιότερα και ομορφότερα μοναστήρια της Κρήτης. Είναι κτισμένη κοντά στο αεροδρόμιο Χανίων, στη θέση Τζομπόμυλος του ακρωτηρίου Μελέχα και στους πρόποδες της Οροσειράς του Σταυρού. Η απόσταση από τα Χανιά είναι μόλις 15km.
