Η μονή της Παναγίας Θυμιανής βρίσκεται κοντά στα Σφακιά, στην περιοχή Θυμέ Αρμί, κι αποτελεί μια από τις ιστορικότερες τοποθεσίες στην Κρήτη. Εδώ στις 29 Μαΐου 1821 οι οπλαρχηγοί της Κρήτης κήρυξαν την επανάσταση κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Γι’ αυτό το λόγο η μονή ονομάζεται Αγία Λαύρα της Κρήτης.
Λίγο ανατολικά από τη Χώρα Σφακίων, στο Σφακιανό Αμμούδι στην άκρη της θάλασσας βρίσκεται ο ναός του Αγίου Χαραλάμπους. Ο Άγιος Χαράλαμπος των Σφακίων είναι ένας τυπικός σπηλαιώδης ναός από τους πολλούς που συναντάμε στην ακτογραμμή και στην ενδοχώρα των Σφακίων.
Ο Άγιος Παύλος είναι Βυζαντινή εκκλησία που είναι χτισμένη πάνω στην παραλία, στη θέση Σελούδα. Βρίσκεται στο σημείο όπου ο Απόστολος Παύλος λέγεται ότι βάπτισε ανθρώπους περνώντας από δω κατά το ταξίδι του για τη Ρώμη. Είναι μια πολύ γραφική μικρή εκκλησία, χτισμένη πάνω στην παραλία με πέτρες από την περιοχή.
Ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία είναι η Παναγία η Κερά που βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς, στη θέση που πιθανώς υπήρχε ναός της πόλης Τάρρα (1ος αιώνας μ.Χ.). Ο πρώτος ναός ήταν τρίκλιτη βασιλική και σήμερα αυτό που βλέπουμε είναι η Βυζαντινή εκκλησία που κτίστηκε στη θέση της παλαιότερης.
Στην περιοχή Πάνω Ρούγα του έρημου χωριού Καλλικράτης βρίσκεται η δίκλιτη εκκλησία της Παναγίας και του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, χτισμένη τον 19ο αιώνα. Δεσπόζει το λιθόγλυπτο καμπαναριό του 1893 και το ομοίωμα ηλιακού ρολογιού στον εξωτερικό της τοίχο.
Ο ναός του Αγίου Νικήτα (13ος αιώνας), που λειτούργησε κι ως μονή, βρίσκεται περίπου 300μ. ΒΑ του Φραγκοκάστελου, πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα. Στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών σε κακή κατάσταση.
Στο μέσο του οικισμού του Λουτρού είναι κτισμένος ο όμορφος και ευρύχωρος ναός της Παναγίας του Λουτρού αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή που έχει σπουδαία ιστορική σημασία. Το προαύλιο έχει ένα μεγάλο φοινικόδεντρο του Θεόφραστου (της Κρητικής ποικιλίας δηλαδή) και ένα πηγάδι με νερό.
Ο εντυπωσιακός ναός του Αρχαγγέλου Μιχαήλ (εορτάζει 8 Νοεμβρίου) στην κόψη του φαραγγιού της Αράδαινας είναι τετράστυλος σταυροειδής ναός με θόλο και χρονολογείται στον 14ο αιώνα, που κτίστηκε πάνω σε βασιλική του 5-6ου αιώνα που ανήκε στη πόλη Αραδήν.