Η επαρχία Ρεθύμνου εξακολουθεί να φιλοξενεί μεγάλο αριθμό μοναστηριών και ανενεργών μονών, που ήκμασαν κυρίως την Ενετική Περίοδο, δηλαδή πριν την άλωση του Ρεθύμνου το 1646 από τους Οθωμανούς. Η περιοχή κοντά στην πόλη αποτέλεσε ένα πλούσιο θρησκευτικό χώρο.
Μονή Αγίας Παρασκευής στον Κάστελο 
Ο δίκλιτος ναός της Αγίας Παρασκευής και του Αγίου Παντελεήμονος στον Κάστελο έχει όμορφο πέτρινο τέμπλο και αποτελεί καθολικό πρώην μοναστηριού. Η μονή ήταν κτισμένη σε ένα πανέμορφο μέρος με δέντρα ιδανικό για μια εξόρμηση.
Στη ρίζα του απότομου και επιβλητικού όρους Κρυονερίτη στο νότιο Ρέθυμνο βρίσκεται το γραφικό και καταπράσινο χωριουδάκι Αλώνες. Το όνομά του το έχει πάρει από το σχήμα του που θυμίζει ένα τεράστιο αλώνι. Στην πλατεία του χωριού κάτω από ένα αιωνόβιο πλάτανο βρίσκεται το όμορφο και ταυτόχρονα ταπεινό εκκλησάκι του Αγίου Ονούφριου.
Στη συνοικία Μπαροτσιανά της Αργυρούπολης βρίσκεται ο ναός της Παναγίας της Μπαροτσιανής, ένας μονόχωρος ναός του 13ου αιώνα, στον οποίο έχει προστεθεί μεταγενέστερα παρεκκλήσι του Αγίου Αντωνίου. Το τοπωνύμιο προέρχεται από την Ενετική οικογένεια των Barozzi που είχε την περιοχή ως φέουδό της.
Ο Άγιος Γεώργιος στον Αρτό είναι μικρός, μονόχωρος και καμαροσκέπαστος, όπως και οι περισσότεροι Βυζαντινοί ναοί της Κρητικής υπαίθρου, και φέρει σταυρό από στρογγυλά πινάκια πάνω από την είσοδό του. Αυτό που τον κάνει να ξεχωρίζει όμως είναι οι σημαντικές τοιχογραφίες στο εσωτερικό του που χρονολογούνται στο 1401.
Ο ναός του Αγίου Δημητρίου βρίσκεται στον οικισμό Άγιος Δημήτριος, πολύ κοντά στην Πηγή Ρεθύμνου. Αποτελεί σταυροειδή με τρούλο κι προεξέχουσες τις κεραίες στα πλάγια. Οι εξωτερικοί τοίχοι πλαισιώνονται με τυφλά αψιδώματα και λίγα μικρά παράθυρα, ενώ ο τρούλος στηρίζεται σε 4 κίονες κορινθιακού ρυθμού.
Ο ναός της Αγίας Κυριακής βρίσκεται στις όχθες του ποταμού Μουσέλα, που τροφοδοτείται από τις πλούσιες πηγές της Αργυρούπολης. Αποτελεί το αποτέλεσμα της μετατροπής ενός υστερορωμαϊκού λουτρού σε εκκλησία κατά τον 9ο αιώνα. Ο ναός καταλαμβάνει τον κυρίως χώρο του λουτρού, που ήταν κτισμένος με πλίνθους, και έχει επεκταθεί με την προσθήκη της αψίδας του ιερού βήματος.
Ο σπηλαιώδης ναός της Αγίας Δύναμης βρίσκεται στην Αργυρούπολη. Μέσα σε αυτόν υπάρχει η τεράστια πηγή της Άγιας Δύναμης από όπου υδρεύεται σχεδόν όλο το Ρέθυμνο. Εντός του ναού υπήρχε ένα εντυπωσιακό ψηφιδωτό του Χριστού, το οποίο έχει αντικατασταθεί με μία απλή εικόνα και έχει μεταφερθεί στο μουσείο του Ρεθύμνου.
Στη θέση Κερά Ονυθέ, όπου υπάρχουν ερείπια αρχαίου οικισμού που ταυτίζεται με τις αρχαίες Φαλλάνες ή την Οσμίδα, που ήταν μικρή πόλη εξαρτώμενη από τη Ρύθημνα. Σε αυτή την τοποθεσία έχουν εντοπιστεί ίχνη μιας τρίκλιτης Παλαιοχριστιανικής βασιλικής, που ανασκάφηκε από τον Ν. Πλάτωνα το 1947 και έχει διαστάσεις 31μ. x 15μ..
