Στα Μεσκλά Κυδωνίας συναντάμε δύο ναούς αφιερωμένους στην Παναγία, που είναι και η προστάτιδα του χωριού. Ο αρχικός παλιός ναός που είναι αφιερωμένος στη Σύλληψη της Θεοτόκου κτίστηκε πάνω στα ερείπια αρχαίου ιερού της Δήμητρας. Ήταν ο κεντρικός ναός του χωριού ως το 1972, όταν ξεκίνησε τη λειτουργία της η μεγαλύτερη εκκλησία που κτίστηκε λίγα μέτρα παραδίπλα, παρομοίως αφιερωμένη στην Παναγία.
Ο Βυζαντινός ναός της Παναγίας στο Αλάγνι έχει ιδιαίτερη σταυροειδή αρχιτεκτονική με τρούλο, ενώ στον εξωτερικό χώρο σώζεται αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο).
Έξω από το χωριό Γαλατάς και πολύ κοντά στο Μινωικό Ανάκτορο συναντάμε το δίκλιτο ναό του Αγίου Ιωάννη στην τοποθεσία Δρακονερό. Ο ναός της Βυζαντινής εποχής φέρει τοιχογραφίες σε πολύ κακή κατάσταση, ενώ στο εσωτερικό του υπάρχει αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) πιθανώς του κτήτορα. Κοντά στο ναό υπάρχει πηγάδι με νερό.
Ανάμεσα στις Στέρνες και τη Μονή Κουδουμά, πάνω στα άγρια Αστερούσια Όρη, συναντάμε τον εγκαταλελειμμένο οικισμό και την εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Η εκκλησία υπήρξε μετόχι της μονής Κουδουμά και ο οικισμός αναφέρεται από το 1577.
Η ερειπωμένη Μονή του Αγίου Γεωργίου Μορμόρη βρίσκεται κοντά στο χωριό Νεροκούρου Χανίων και χρονολογείται πριν από το 1637. Η μονή, που κάποτε είχε μεγάλη περιουσία, είναι μετόχι της Μονής Γουβερνέτου κι έχει ανακηρυχθεί διατηρητέο μνημείο.
Στο κέντρο των Κουνάβων στέκεται ο όμορφος τρίκλιτος ναός της Παναγίας, του Μιχαήλ Αρχάγγελου και του Αγίου Χαραλάμπους, του πολιούχου του χωριού. Ο ναός φέρει τρεις ημικυκλικές αψίδες κι ένα αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο) του 16ου αιώνα. Επίσης σώζονται δείγματα τοιχογραφιών.
Η συνοικία της Αγίας Τριάδας στις Αρχάνες παίρνει το όνομα της από το ναό της Αγίας Τριάδας του 14ου αιώνα. Ο ναός είναι μονόχωρος με εγκάρσιο νάρθηκα με τοιχογραφίες που έχουν αποκατασταθεί.