Η Σούδα είναι ένα μικρό νησί που στέκει σαν φύλακας στην είσοδο του μεγάλου Κόλπου της Σούδας, το στρατηγικής σημασίας μεγάλο φυσικό λιμάνι που προστατεύεται από το Ακρωτήρι των Χανίων και αποτέλσε διακαή πόθο για τους κατακτητές του νησιού. Στο βορειοδυτικό πλευρό του, σε πολύ μικρή απόσταση, βρίσκεται το μικρό νησάκι Λέων, σχεδόν στρογγυλό που αναφέρεται στους Βενετσιάνικους χάρτες ως «Νησί των κουνελιών» (Scoglio dei Conigli).
Ιστορία
Στην αρχαιότητα και τα δύο νησάκια λεγόταν Λευκαί, όπως αναφέρει ο Στέφανος Βυζάντιος. Το όνομά τους προέρχεται από την αρχαία ελληνική μυθολογία κατά την οποία λέγεται ότι οι Σειρήνες ηττήθηκαν από τις Μούσες, τις οποίες συναγωνίσθηκαν σε κάποιο μουσικό αγώνα και στεναχωρήθηκαν τόσο που τα φτερά τους, έπεσαν από τους ώμους, έγιναν λευκές και μπήκαν στη θάλασσα, και έτσι δημιουργήθηκαν τα νησάκια Λευκαί. Πριν οχυρωθεί, στο νησάκι υπήρχε το μοναστήρι του Αγίου Νικολάου και γι' αυτό λεγόταν Φραρονήσι (Φράροι ή Φλώροι είναι οι καθολικοί μοναχοί). Ύστερα από την οχύρωση του, πήρε το όνομα Σούδα από το όνομα του κόλπου, ενώ ο ναός του Αγίου Νικολάου υπάρχει ακόμη στο νησί.
Από τον 14ο αιώνα υπήρχε φρούριο στο νησί. Το μεγάλο όμως Ενετικό φρούριο άρχισε να κτίζεται από τους Βενετούς το 1573, σε μια προσπάθεια να ενισχύσουν την άμυνα του λιμανιού της Σούδας και να ελέγχουν την είσοδο του κόλπου. Το έργο από μόνο του δεν έλυνε το πρόβλημα της ασφάλειας, κι έτσι οι στρατιωτικοί εμπειρογνώμονες είχαν ζητήσει να εκτελεσθούν και άλλα συμπληρωματικά έργα άμυνας σε επίκαιρες θέσεις τα οποία όμως κυρίως λόγω υψηλού κόστους δεν ξεκίνησαν ή δεν ολοκληρώθηκαν ποτέ.
Αρχιτέκτονας και επιβλέπων των εργασιών ήταν ο μηχανικός οχυρώσεων Latino Orsini. Το έργο εκτελέστηκε πολύ γρήγορα και μέσα σ' ένα χρόνο τοποθετήθηκαν και τα πρώτα κανόνια. Στα χρόνια που ακολούθησαν μέχρι την απόβαση των Τούρκων στην Κρήτη το 1645, εκτελούνταν μόνο συμπληρωματικές εργασίες συντήρησης και βελτίωσής του. Σε αυτά εντάσσεται και η ανακατασκευή το 1585 του και σήμερα διατηρημένου αναλλοίωτου κεντρικού ναού του Αγίου Νικολάου, ο οποίος λειτουργούνταν από ιερείς του τάγματος του Αγίου Αυγουστίνου.
Η Φορτέτζα, το φρούριο της Σούδας, από τεχνικής άποψης αποτέλεσε ένα άριστο οχυρωματικό έργο εκμεταλλευόμενο τη μορφολογία του εδάφους του νησιού, έδινε λύσεις στους πιθανούς κινδύνους από την απέναντι ξηρά ή την προσέγγιση πλοίων. Αναφέρεται ότι ο οπλισμός του φρουρίου το 1630 ήταν 44 κανόνια διαφόρων διαμετρημάτων και 9185 μπάλες. Τα τείχη περιέβαλαν όλη την έκταση του νησιού της Σούδας. Στο βόρειο μέρος ήταν ο προμαχώνας Martinengo και ο προμαχώνας Μichiel. Ανάμεσα τους μια μικρή πόρτα οδηγούσε στο χαμηλότερο κομμάτι του νησιού της Σούδας, όπου ήταν το νεκροταφείο και ο επιπρομαχώνας Mocenigo και μια δεξαμενή. Στην ανατολική πλευρά ήταν οι στρατώνες και μπροστά τους βρίσκονταν τρεις δεξαμενές, αποθήκες, ο κήπος και η εκκλησούλα της Παναγίας La Madonnina. Στη νοτιοδυτική πλευρά ήταν ο προμαχώνας Orsino και η πύλη του φρουρίου. Στη δυτική πλευρά ήταν τρεις δεξαμενές και αποθήκες πυρομαχικών και πολεμοφοδίων, το πεδίο ασκήσεων και ο ανεμόμυλος.Εκτός από τους χώρους αυτούς, υπήρχε νοσοκομείο, φυλακή και πολλά καταλύματα για λαϊκούς.
Η Φορτέτζα, μετά την κατάληψη της πόλης των Χανίων από τους Τούρκους το 1646 δέχθηκε σφοδρή επίθεση από ξηρά και θάλασσα. Οι υπερασπιστές της, όμως παρά το ολιγάριθμό τους, κατάφεραν να τους αποκρούσουν. Μετά την κατάληψη του Χάνδακα το 1669 και τη συνθηκολόγηση που ακολούθησε, το νησί παρέμεινε ελεύθερο υπό Βενετική διοίκηση μέχρι τις 27 Σεπτεμβρίου του 1715, οπότε παραδόθηκε στους Τούρκους ύστερα από πολιορκία και ηρωική αντίσταση 72 ημερών. Οι Τούρκοι κατείχαν τη νησίδα μέχρι το 1898 οπότε και αποχώρησαν οι στρατιωτικές δυνάμεις από την Κρήτη. Την περίοδο αυτή εκτός από τη μετατροπή του ναού σε τζαμί αφιερωμένο στον Σουλτάν Γαζή Αχμέτ Χαν, δεν πρόσθεσαν τίποτα ουσιαστικό στην οχύρωσή του.
Το νησί είναι συνδεδεμένο με την Κρητική ιστορία και τους αγώνες των Κρητικών για την απελευθέρωσή τους, επειδή σ' όλη τη διάρκεια της Τουρκικής κατοχής που το νησί τελούσε υπό Βενετική διοίκηση αποτελούσε καταφύγιο των διωκόμενων επαναστατών. Πάνω σε αυτό υψώθηκε για πρώτη φορά η ελληνική σημαία την 1η Φεβρουαρίου του 1913 ( πριν την επίσημη ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα ). Μετά τον Β' Παγκόσμιο πόλεμο βρισκόταν υπό τον έλεγχο του ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού στα πλαίσια του ευρύτερου αμυντικού σχεδιασμού του λιμένα. Η δενδροφύτευση του νησιού το οποίο στερούνταν παντελούς βλάστησης έγινε το 1966 από το Πολεμικό Ναυτικό. Ο Κόλπος της Σούδας ακόμα σήμερα χρησιμοποιείται ως ναυτική βάση για τις δυνάμεις του ΝΑΤΟ. Για αυτό το λόγο στη βάση της Σούδας δεν επιτρέπονται οι επισκέπτες και η λήψη φωτογραφιών.