Ο Γεροπόταμος Ρεθύμνου είναι μεγάλος ποταμός που εκβάλει στην παραλία του Γεροποτάμου, στο σημείο όπου υπήρχε η αρχαία Αυλώνα, όπου και σχηματίζει σπουδαίο υδροβιότοτο. Το όνομά του σημαίνει «Ιερός Ποταμός», ενώ κοντά στην έξοδό του είναι γνωστός κι ως Αυλοπόταμος λόγω της αρχαίας Αυλώνας. Ο Γεροπόταμος συγκεντρώνει τα νερά από πολλούς παραπόταμους στη βόρεια μεριά του Ψηλορείτη.
Λίγο πριν την έξοδο στη θάλασσα, ενώνεται με το Μαργαριτιανό Ποταμό ή Μυλοπόταμο, που οφείλει το όνομά του στους πολλούς νερόμυλους που συναντούσε κανείς στην πορεία του. Ο Μυλοπόταμος συγκεντρώνει τα νερά του από την περιοχή των Μαργαριτών και της αρχαίας Ελεύθερνας. Ο Μυλοπόταμος είναι τόσο σπουδαίος για την περιοχή, ώστε ολόκληρη η επαρχία Μυλοποτάμου έχει λάβει το όνομά του.