Η Αρχαία Ελεύθερνα βρίσκεται 25χλμ νοτιοανατολικά της πόλης του Ρεθύμνου, σχετικά κοντά στη Μονή Αρκαδίου. Η πόλη αποτελεί το σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο του νομού Ρεθύμνου, ο οποίος μάλιστα δεν έχει ανασκαφεί ακόμη πλήρως και αναμένεται στο σύνολό του να δώσει πολλά ακόμη πολύτιμα ευρήματα. Οι πρώτες οργανωμένες ανασκαφές ξεκίνησαν το 1985 από το Πανεπιστήμιο Κρήτης.
Η πόλη της Ελεύθερνας ιδρύθηκε από τους Δωριείς περίπου τον 9ο αιώνα π.Χ. και κατοικήθηκε ως και τα πρωτοβυζαντινά χρόνια. Στην πολύχρονη αυτή της πορεία φαίνεται ότι συνετέλεσε η στρατηγική της θέση σε υψόμετρο 380μ, στο σημείο που διασταυρώνονταν οι δρόμοι που ένωναν την αρχαία Κυδωνία, την Κνωσό και τον Ψηλορείτη. Τα ευρήματα ως τώρα έχουν βρεθεί σε τρία διαφορετικά σημεία του ίδιου λόφου.
Η Ελεύθερνα ήταν μια από τις πόλεις που τάχθηκαν με το πλευρό της Μακεδονίας κατά της Κνωσού κατά τη διάρκεια του πρώτου Κρητικού Πολέμου (205πΧ- 200πΧ). Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, η πόλη κατάφερε να αντισταθεί σθεναρά στον Ρωμαίο στρατηγό Μέτελλο, έως ότου έπεσε από προδοσία. Κατά τη Ρωμαϊκή Εποχή η πόλη εξακολούθησε να αναπτύσσεται, κτίστηκαν λουτρά, τεράστιες δεξαμενές, επαύλεις, δημόσια κτίρια και πύργος. Η βυζαντινή εποχή ήταν η τελευταία εποχή της πόλης, πριν καταστραφεί από τους Άραβες, όταν έγινε έδρα Επισκοπής και κτίστηκε η μεγάλη βασιλική του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, ερείπια της οποίας σώζονται και σήμερα.
Η σημασία της Ελεύθερνας ως αρχαιολογικός χώρος οδήγησε στην απόφαση να δημιουργηθεί το εκπληκτικό Αρχαιολογικό Μουσείο της Αρχαίας Ελεύθερνας δίπλα στον αρχαιολογικό χώρο, ένα από σημαντικότερα μουσεία της Ελλάδας.
Η νεκρόπολη της Ορθής Πέτρας
Στη θέση Ορθή Πέτρα έχει εντοπιστεί μεγάλη νεκρόπολη, η οποία έμελλε να γίνει το σημαντικότερο μέρος της Ελεύθερνας με πάρα πολλά ευρήματα. Εδώ βρέθηκε ο τάφος των πολεμιστών με 480 αγγεία, όπλα και την τάφρο πολεμιστών που σκοτώθηκαν σε μάχη.
Το 2010 οι αρχαιολόγοι βρέθηκαν μπροστά σε μια από τις σημαντικότερες ανακαλύψεις, καθώς βρήκαν ασύλητο τάφο του 700π.Χ.. Ο τάφος ήταν ένα τεράστιο ξαπλωμένο πιθάρι, του οποίου η είσοδος φραζόταν από έναν ογκόλιθο 800 κιλών. Μέσα στο πιθάρι βρέθηκαν τα οστά ενός νεαρού ζευγαριού, πιθανόν αδερφιών. Το ζευγάρι ήταν καλυμμένο με χρυσό κάλυμμα, που είχε κεντηθεί με 3000 φύλλα χρυσού διαφόρων σχημάτων!
Άλλο ένα εξέχον εύρημα του τάφου ήταν το χρυσό κόσμημα που φορούσε η κοπέλα, το οποίο απεικονίζει μια μέλισσα. Το κόσμημα αποτελεί την πρώτη αναπαράσταση της μέλισσας ως θεάς στην Κρήτη. Ωστόσο, το εκπληκτικό είναι ότι αν γυρίσει κάποιος το νόμισμα αντίστροφα, τότε η μέλισσα εξαφανίζεται και παίρνει τη θέση της ένας πανέμορφος κρίνος. Το αμφίσημο αυτό κόσμημα έχει προκαλέσει το παγκόσμιο ενδιαφέρον των αρχαιολόγων.
Τέλος, μέσα σε ένα άλλο πιθάρι οι αρχαιολόγοι έκαναν μια απρόσμενη ανακάλυψη. Ανάμεσα στα οστά βρήκαν ένα ολόχρυσο μάτι σε φυσικό μέγεθος που ονόμασαν το μάτι του Τουταγχαμών, πανομοιότυπο με αυτό που βρέθηκε στη νεκρική μάσκα του βασιλιά της Αιγύπτου.