Το Αγιοφάραγγο βρίσκεται νότια της Μονής Οδηγήτριας και δημιουργήθηκε από τις κοίτες δύο ρεμάτων που ξεκινούν το ένα βόρεια - βορειοανατολικά από το Γυαλομονόχωρο και το άλλο δυτικά από τα Πηγαϊδάκια. Τα δύο ρέματα συναντούνται κοντά στην Αγία Κυριακή και αφού ακολουθήσουν μια σχετικά ομαλή διαδρομή, το κοινό τους ρέμα εισέρχεται στο κυρίως φαράγγι, το Αγιοφάραγγο, και καταλήγει στο Νότιο Κρητικό Πέλαγος στη μαγευτική παραλία του Αγιοφάραγγου. Στη μεγαλύτερη διαδρομή του φαραγγιού υψώνονται κατακόρυφοι γκρεμοί με σπηλιές, αλλά η πορεία μέσα στην κοίτη του ρέματος είναι εξαιρετικά εύκολη και ομαλή. Λίγο πριν την έξοδο στη θάλασσα, υπάρχει αναρριχητικό πεδίο και είναι πολύ συνηθισμένο να δείτε κάποιους να κάνουν αναρρίχηση στο γκρεμό.
Το όνομά του οφείλεται στους ερημίτες που ασκήτευσαν στον απόμερο αυτόν τόπο, που αποτέλεσε το πρώτο μεγάλο κέντρο ασκητικού βίου, όχι μόνο της περιοχής, αλλά ολόκληρης της Κρήτης από τα πρώτα χριστιανικά χρόνια. Σύμφωνα με την τοπική παράδοση, τριακόσιοι ερημίτες ζούσαν εδώ σε συνθήκες απόλυτης απομόνωσης του ενός από τον άλλο. Συναντιόταν μόνο μια φορά το χρόνο στο Γουμενόσπηλιο για να μετρηθούν και να δουν πόσοι είχαν πεθάνει τον προηγούμενο χρόνο. Κατηφορίζοντας το φαράγγι και πριν φτάσουμε στο Γουμενόσπηλιο συνανταμε το ναό του Αγίου Αντωνίου, που υπήρξε και το κέντρο του ασκητισμού της περιοχής όταν οι μοναχοί άρχισαν να γίνονται μια μικρή οργανωμένη κοινότητα. Η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου πιστεύεται ότι έχει ανακαινιστεί τρεις φορές για να πάρει τη σημερινή της μορφή. Κατ’ αρχήν ήταν ένα μικρό εκκλησάκι σε μια μικρή σπηλιά μέσα στο βράχο αλλά καθώς περνούσαν τα χρόνια και μεγάλωνε ο αριθμός των ασκητών χρειαζόταν μεγαλύτερη εκκλησιά γι’ αυτό και την μεγάλωσαν. Για τρίτη και τελευταία φορά ανακαινίστηκε ή μεγάλωσε κατά τον 14ο ή 15ο αιώνα και έτσι διατηρείται μέχρι σήμερα. Έξω από την εκκλησία υπάρχει πηγάδι από το οποίο προμηθεύονταν νερό, ενώ νότια από την εκκλησία πάνω σ’ ένα μικρό ύψωμα βρέθηκε συλημένος κυκλικός θολωτός μινωικός τάφος.
Υπάρχουν διάφοροι τρόποι που μπορεί κανείς να πάει στο Αγιοφάραγγο. Με καϊκι μπορείτε να πάτε από τον Κόκκινο Πύργο, την Αγία Γαλήνη ή τους Καλούς Λιμένες. Μπορείτε επίσης να φτάσετε μέσω χωματόδρομου από την ιστορική Μονή Οδηγήτριας, στην οποία ανήκουν οι εκτάσεις της περιοχής. Από το μοναστήρι συνεχίζετε ευθεία, ακολουθώντας τις πινακίδες προς Αγιοφάραγγο και κατηφορίζοντας μέσα στο φαράγγι, μέχρι να βρείτε το αδιέξοδο στο κοντινότερο σημείο στάθμευσης. Προσοχή, μην αφήνετε το αυτοκίνητό σας κάτω από τα δέντρα διότι είναι πιθανόν να καταστρέψουν την οροφή του κατσίκες που θα ανέβουν για να φάνε τα φύλλα από τα δέντρα. Ο χρόνος που χρειάζεται για να διασχίσετε το φαράγγι από εκεί ως τη θάλασσα είναι 25-35 λεπτά.