Οι επιλογές για εξερεύνηση των ακτών του νησιού είναι αμέτρητες. Καθημερινά εκτελούνται πολλά δρομολόγια πλοιαρίων για τις πιο διάσημες απομακρυσμένες παραλίες του νησιού, όπως του Μπάλου, του Πρέβελη και των ορεινών Σφακίων. Δρομολόγια εκτελούνται επίσης για τα νησάκια της Χρυσής, της Γαύδου, της Ντίας ,το Κουφονήσι και τα Παξιμάδια. Πολλές από τις εταιρείες που προσφέρουν θαλάσσιες εκδρομές διοργανώνουν ταξίδια ψαρέματος, καταδύσεων και παρατήρησης του βυθού μέσα από το γυάλινο πάτωμα των πλοιαρίων.
Για όσους αναζητούν περισσότερες επιλογές ή απομόνωση, υπάρχει η δυνατότητα ενοικίασης μηχανοκίνητου ή ιστιοπλοϊκού σκάφους από τις μαρίνες του Αγίου Νικολάου, του Ηρακλείου, του Ρεθύμνου ή των Χανίων, αλλά και σε όλα σχεδόν τα μικρότερα λιμάνια του νησιού. Μάλιστα, δεν είναι λίγοι αυτοί που συνδυάζουν τις διακοπές τους στην Κρήτη με ένα ταξίδι στη μαγευτική Σαντορίνη με ιστιοφόρο.
