Η επαρχία Μονοφατσίου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά κέντρα της Κρήτης, καθώς εδώ ήκμασαν αρκετές μονές και ασκηταριά. Εκτός από τα απομονωμένα Αστερούσια Όρη, που εξετάζουμε ξεχωριστά, μικρές μονές υπήρξαν διάσπαρτες σε όλη τη επαρχία.
Ναός Κοίμησης Θεοτόκου στον Κάστελλο 
Ο ναός της Κοίμησης της Θεοτόκου ή Πάνω Παναγιά βρίσκεται στο Βορειοανατολικό τμήμα του κάστρου Belvedere και φέρει πολύ κατεστραμμένο τοιχογραφικό διάκοσμο, φιλοτεχνημένο το 1467 από τον αυτοαποκαλούμενο «ταπεινό ζωγράφο» Γεώργιο Πελέγρη. Ο ζωγράφος μάλλον ταυτίζεται με τον ομώνυμο αγιογράφο που εργάζεται την περίοδο 1456-1487 στο Χάνδακα.
Ο ερειπωμένος ναός της Αγίας Τριάδας βρίσκεται μέσα στα όρια του οικισμού της Λιγόρτυνου της επαρχίας Μονοφατσίου. Η χρήση του τοποθετείται από την μεταβυζαντινή περίοδο ως και την Ενετοκρατία, και πιο συγκεκριμένα μεταξύ του 11ου και του 15ου αιώνα.
Ο ναός της Παναγίας στο Χουμέρι Μονοφατσίου είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου και έχει υποστεί αναστήλωση, κατά την οποία χάθηκε μέρος του τοιχογραφικού διακόσμου του 15ου αιώνα. Συγκεκριμένα, ο αρχικός μονόχωρος ναός επεκτάθηκε προς τα δυτικά με την προσθήκη στα νότια ενός κλίτους.
Δίπλα στο μικρό φράγμα της Κεράς στο χωριό Ίνι συναντάμε το γραφικό ναό της Παναγίας Κεράς που είναι αφιερωμένος στην Ζωοδόχο Πηγή. Ο ναός δε φέρει τοιχογραφίες στο εσωτερικό του. Δίπλα στο ναό υπάρχει ένα μικρό διαμορφωμένο σπηλαίωμα με πηγή με νερό που θεωρείται αγιασμένο.
Η Παλαιοχριστιανική Βασιλική του Ινίου βρίσκεται ανάμεσα σε ελαιώνες στην τοποθεσία Ελληνικά, νοτιοανατολικά του λόφου της Κεφάλας. Πρόκειται για τρίκλιτη βασιλική που χρονολογείται στον 6ο αιώνα και λόγω του μεγάλου μεγέθους της (32μ x 18μ) πιστεύεται ότι υπήρξε η έδρα της Επισκοπής της πόλης Αρκαδία που τοποθετείται κοντά στο χωριό Αφρατί./p>
Ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται λίγα μέτρα νότια της λίμνης των Δαμανίων και δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 1399 και στην σημερινή του μορφή επανήλθε μετά από αναστήλωση που ξεκίνησε το 1979, καθώς μέχρι τότε ήταν ερειπωμένος.
Στον Πύργο Μονοφατσίου σώζεται ο δίκλιτος ναός που είναι αφιερωμένος στους Άγιο Κωνσταντίνο και Ελένη, και στον Άγιο Γεώργιο. Ο ναός ήταν αρχικά τρίκλιτος. Το βόρειο κλίτος του Αγίου Γεωργίου φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται από τον 13ο αιώνα και απεικονίζουν κυρίως το βίο του Αγίου Γεωργίου.
Ο δίκλιτος ναός των Αγίων Αποστόλων και Πέτρου και Παύλου βρίσκεται στους πρόποδες του λόφου των Θόλων, με το ομώνυμο φρούριο, και ανήκε στην οικογένεια των Κορνάρων. Κτίστηκε το 15-16ο αιώνα και εδώ υπάρχουν δύο αρκοσόλια (ταφικά μνημεία) μέσα κι έξω από το ναό (με την επιγραφή 1614).
