Η επαρχία Μονοφατσίου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά κέντρα της Κρήτης, καθώς εδώ ήκμασαν αρκετές μονές και ασκηταριά. Εκτός από τα απομονωμένα Αστερούσια Όρη, που εξετάζουμε ξεχωριστά, μικρές μονές υπήρξαν διάσπαρτες σε όλη τη επαρχία.
Ναός Αγίου Ιωάννη στην Αγία Βαρβάρα 
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου που δεσπόζει σήμερα στην αγροτική αυτή περιοχή περιτριγυρίζεται από ένα μεγάλο αριθμό ερειπωμένων κτισμάτων στα δυτικά του που πολύ πιθανόν να ήτανε απομεινάρια από κάποιο μεσαιωνικό οικισμό ή από κελιά αφού πολύ πιθανόν ο Άη Γιάννης να ήτανε μοναστήρι. Το κακό στην περίπτωσή του είναι ότι δεν υπάρχει καμιά γραπτή πηγή αλλά ούτε και προφορική παράδοση γεγονός που μας κάνει να συμπεράνουμε ότι πιθανόν να ερημώθηκε βίαια.
Το πρώην μοναστήρι της Παναγίας Καρδιώτισσας βρίσκεται στην καταπράσινη τοποθεσία Παναγία, λίγο έξω από τον Άγιο Θωμά. Η εκκλησία είναι κτισμένη δίπλα στον ποταμό Αξεδιανό και το χειμώνα δημιουργούνται καταρράκτες ακριβώς στο άκρο του περιβόλου της εκκλησίας, κάνοντας το τοπίο πραγματικά μοναδικό.
Η περιοχή του Αγίου Θωμά Μονοφατσίου μπορεί άνετα να χαρακτηριστεί ως ένα θρησκευτικό πάρκο, καθώς φιλοξένησε 38 εκκλησίες. Η εντυπωσιακότερη όλων στέκεται ακόμη και σήμερα στο κέντρο του χωριού. Είναι η βυζαντινή εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Θωμά.
Στο γραφικό χωριό Άγιος Θωμάς Ηρακλείου βρίσκεται ο μοναδικός σε όλη την Κρήτη ναός που τιμά τη μνήμη του Αγίου Ιωάσαφ. Ο Άγιος Ιωάσαφ ή Ιωσάφης όπως τον αποκαλούν οι ντόπιοι γιορτάζει κάθε χρόνο στις 26 Αυγούστου και γίνεται σημαντικό πανηγύρι. Ο ναός αυτός μοναδικός στο είδος του σε ολόκληρη την Κρήτη καθώς είναι εξ’ ολόκληρου λαξευμένος σε μονόλιθο.
Το έρημο χωριό Αξέντι βρίσκεται σε τοποθεσία φυσικού κάλλους ανάμεσα σε γόνιμα χωράφια και δάση από δρυς ενώ η περιοχή έχει την ευλογία να έχει και αρκετές πηγές νερού. Ακόμα και σήμερα στην εκκλησία του χωριού το Άγιο Πνεύμα υπάρχει εικόνα του Αγίου Αυξεντίου να θυμίζει το παλιό όνομα της περιοχής.
Δίπλα στον Αξεδιανό Ποταμό και κοντά στα Πηρουνιανά συναντάμε τον Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου του Χωστού. Ο αρχικός ναός είχε τρούλο, ενώ στη συνέχεια επεκτάθηκε για να μεγαλώσει. Το τμήμα που έχει τον τρούλο φέρει τοιχογραφίες σε μέτρια κατάσταση.
Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Αντωνίου του Ευνούχου είναι κρυμμένος σε μια κατάφυτη τοποθεσία στον Άγιο Θωμά, δίπλα στο Κτήμα Στρατάκη. Ο ναός, χρονολογείται στην Ενετοκρατία και δε φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο.
Ο ναός του Αρχάγγελου Μιχαήλ βρίσκεται στον Άγιο Θωμά και είναι μονόχωρος ναός με «αρχαϊκές» τοιχογραφίες του 12ου-13ου αιώνα.
