Ο οικισμός έχει μεγάλη ιστορία και αρκεί μια βόλτα μέσα στα άναρχα στενά του για να το αντιληφθεί κανείς. Το όνομα του το χωριό το παίρνει από τους 3 βυζαντινούς ναούς που υπήρχαν εδώ και χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα, τότε που τα απομονωμένα Αστερούσια όρη αποτέλεσαν ένα από τα σημαντικότερα ερημητήρια της Κρήτης.

Ο Βυζαντινός ναός της Παναγίας στο Αλάγνι έχει ιδιαίτερη σταυροειδή αρχιτεκτονική με τρούλο, ενώ στον εξωτερικό χώρο σώζεται αρκοσόλιο (ταφικό μνημείο).

Η περιοχή του Αγίου Θωμά Μονοφατσίου μπορεί άνετα να χαρακτηριστεί ως ένα θρησκευτικό πάρκο, καθώς φιλοξένησε 38 εκκλησίες. Η εντυπωσιακότερη όλων στέκεται ακόμη και σήμερα στο κέντρο του χωριού. Είναι η βυζαντινή εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Θωμά.

Δίπλα στον Αξεδιανό Ποταμό και κοντά στα Πηρουνιανά συναντάμε τον Βυζαντινό ναό του Αγίου Γεωργίου του Χωστού. Ο αρχικός ναός είχε τρούλο, ενώ στη συνέχεια επεκτάθηκε για να μεγαλώσει. Το τμήμα που έχει τον τρούλο φέρει τοιχογραφίες σε μέτρια κατάσταση.

Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Αντωνίου του Ευνούχου είναι κρυμμένος σε μια κατάφυτη τοποθεσία στον Άγιο Θωμά, δίπλα στο Κτήμα Στρατάκη. Ο ναός, χρονολογείται στην Ενετοκρατία και δε φέρει τοιχογραφικό διάκοσμο.

Λίγο πιο κάτω από την πηγή του έρημου χωριού Ρούμα, σε ένα όμορφο δάσος από δρυάδες συναντάμε το μικρό εκκλησάκι της Παναγίας με κάποιες από τις πολύ παλιές αγιογραφίες του να σώζονται σε καλή κατάσταση.

Ο ναός της Παναγίας στο Αρκαλοχώρι είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ενώ φαίνεται νεώτερος ναός, είναι Βυζαντινός και κάτω από τους σοβάδες πιθανότατα κρύβει εξαιρετικές τοιχογραφίες. Υπάρχουν τμήματα που έχουν αποκαλυφτεί.

Ο ναός της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται στην τοποθεσία Πρινιάς, κοντά στο Αρχοντικό Μονοφατσίου, σε έναν όμορφα διαμορφωμένο χώρο. Ο ναός, μικρός μονόχωρος, φέρει ίχνη κατεστραμμένων τοιχογραφιών του Μεσαίωνα, ενώ θα δείτε στους τοίχους αγγεία που χρησιμοποιούνται για τη βελτίωση της ηχητικής.