Η επαρχία Μονοφατσίου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά κέντρα της Κρήτης, καθώς εδώ ήκμασαν αρκετές μονές και ασκηταριά. Εκτός από τα απομονωμένα Αστερούσια Όρη, που εξετάζουμε ξεχωριστά, μικρές μονές υπήρξαν διάσπαρτες σε όλη τη επαρχία.
Ναός Αγίου Ιωάννη στο Ρουκάνι 
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται σε μια κατάφυτη τοποθεσία με δρύες δίπλα στο χωριό Ρουκάνι και αποτελεί ένα από τα ιστορικότερα Βυζαντινά μνημεία της Κρήτης. Ο ναός χρονολογείται στον 11ο-12ο αιώνα και πιθανώς λειτουργούσε ως μοναστήρι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη το Θεολόγο. Σήμερα ο ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο.
Ο κοιμητηριακός ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου στο Αρκαλοχώρι είναι σταυροειδής με το κύριο κλίτος χαμηλότερο από το κάθετο. Επίσης υπάρχει νάρθηκας με θόλο. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 13ου αιώνα (οι τοιχογραφίες του νάρθηκα είναι του 14ου αιώνα).
Ο ναός της Παναγίας στο Αρκαλοχώρι είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ενώ φαίνεται νεώτερος ναός, είναι Βυζαντινός και κάτω από τους σοβάδες πιθανότατα κρύβει εξαιρετικές τοιχογραφίες. Υπάρχουν τμήματα που έχουν αποκαλυφτεί.
Ο ναός της Παναγίας Ζωοδόχου Πηγής βρίσκεται στην τοποθεσία Πρινιάς, κοντά στο Αρχοντικό Μονοφατσίου, σε έναν όμορφα διαμορφωμένο χώρο. Ο ναός, μικρός μονόχωρος, φέρει ίχνη κατεστραμμένων τοιχογραφιών του Μεσαίωνα, ενώ θα δείτε στους τοίχους αγγεία που χρησιμοποιούνται για τη βελτίωση της ηχητικής.
Ο κοιμητηριακός ναός του χωριού Αρχοντικό Μονοφατσίου είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Ενώ ο εξωτερικός χώρος δεν μας προδιαθέτει, το εσωτερικό εντυπωσιάζει με τον Βυζαντινό τοιχογραφικό διάκοσμο που βρίσκεται σε σχετικά καλή κατάσταση.
Η μονή των Αγίων Αποστόλων βρίσκεται στη τοποθεσία που λειτουργεί σήμερα το οινοποιείο Στραταριδάκη. Το μοναστήρι, σήμερα ερειπωμένο, λειτούργησε ως μετόχι της μονής Σινά και κατά τη Γερμανική Κατοχή ανέπτυξε πλούσια αντιστασιακή δράση, κυρίως τροφοδοτώντας και υποστηρίζοντας την ομάδα ανταρτών του Μανώλη Μπαντουβά.
Ο ναός των Εισοδίων της Θεοτόκου ή Κάτω Παναγιά βρίσκεται κοντά στο νότιο τμήμα του κάστρου Belvedere και είναι μικρός μονόχωρος ναός με δύο φάσεις. Στην παλαιότερη, πιθανόν του πρώτου μισού του 14ου αιώνα, ανήκει το ανατολικό τμήμα του, το οποίο διασώζει ελάχιστα ίχνη τοιχογραφιών αυτής της περιόδου.
Ο ναός της Αγίας Αναστασίας βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα του κάστρου Belvedere και κατασκευάστηκε σύμφωνα με τον Gerola πάνω στα ερείπια δύο αρχαίων δεξαμενών. Λόγω του μικρού μεγέθους του, το αποσπασματικά σωζόμενο εικονογραφικό πρόγραμμα, το οποίο χρονολογείται στα μέσα του 14ου αιώνα, φέρει ελάχιστες παραστάσεις
