Στο σημερινό οικισμό του Αγίου Ιωάννη, που σήμερα αποτελεί τον παραθεριστικό προορισμό των κατοίκων των Καπετανιανών, συναντάμε ένα από τα πιο ιδιαίτερα μοναστηριακά μνημεία της Κρήτης, το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη. Η μονή λειτούργησε ως τα μέσα του 20ου αιώνα και φιλοξένησε ασκητές στις σπηλαιώδεις κοιλότητες που σχηματίζονται στη ρίζα ενός βράχου. Ο εξωτερικός χώρος της μονής έχει σήμερα διαμορφωθεί με παγκάκια και παρτέρια με λουλούδια.
Το καθολικό της μονής βρίσκεται στη χαμηλότερη σπηλιά από όλες και στο εξωτερικό του έχει κτιστεί μαντρότοιχος, δημιουργώντας μια μικρή αυλή. Έξω από την αυλή συναντάμε τάφο μοναχού ενώ τριγύρω βλέπουμε τις πεζούλες που καλλιεργούσαν οι μοναχοί και διάσπαρτα αρχαία ελαιόδεντρα. Κάτω από το καθολικό υπάρχει νεότερο κτίσμα που χρησιμοποιήθηκε ως κελιά κατά τα τελευταία χρόνια της λειτουργίας της μονής και σήμερα χρησιμοποιούνται ως βοηθητικοί χώροι.
Σε σπηλιές πάνω από το καθολικό, υπάρχουν τα κελιά των μοναχών. Μέσα σε αυτά διακρίνουμε λαξευτές επιφάνειες και τζάκια. Ανάμεσά τους συναντάμε κι έναν μισογκρεμισμένο φούρνο, ενώ στα ανώτερα κελιά υπάρχει λάξευμα για το μάζεμα του νερού που στάζει από την οροφή του σπηλαίου, το οποίο χρησιμοποιείται ως αγίασμα. Δίπλα συναντάμε το χώρο που συναντιόντουσαν οι μοναχοί, ενώ στο τελευταίο κελί διακρίνουμε στο έδαφος μεγάλη ορθογώνια βάση, που πιθανώς χρησιμοποιήθηκε ως τάφος ή δεξαμενή.
Ο χώρος χρησιμοποιήθηκε από τα αρχαία χρόνια ως Ασκληπιείο, όπως μαρτυράει η επιγραφή στην είσοδο του ναού. Σε αυτό προφανώς συνεισέφερε η ύπαρξη νερού στην κοντινή πηγή της Γούλας, αλλά και το νερό που στάζει από την οροφή των σπηλαίων. Ως τα τέλη του 20ου αιώνα πολλοί πιστοί που υπέφεραν από κάποια πάθηση, κοιμόντουσαν τη νύχτα πάνω στις πεζούλες που υπάρχουν μέσα στο ναό πιστεύοντας ότι θα τους θεραπεύσει ο Άγιος. Αυτό θεωρείται ως η χριστιανική συνέχεια της μεθόδου της εγκοίμησης, που συναντάμε στα αρχαία Ασκληπιεία, όπου οι ασθενείς οδηγούνταν στο Εγκοιμητήριο (στο άβατο) για να κοιμηθούν, να δούν στο όνειρό τους τον Ασκληπιό και να θεραπευτούν.
Εξαιρετικό ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι τοιχογραφίες του καθολικού, που χρονολογούνται από το 1360. Στον εξωτερικό τοίχο του ναού υπάρχουν μορφές αγίων σε φυσικό μέγεθος, σπάνιο φαινόμενο στην Κρήτη, τόσο για την τοιχογραφηση στον εξωτερικό τοίχο, όσο και για τις διαστάσεις αυτές. Στον εξωτερικό τοίχο βλέπουμε τους Αγίους Κοσμά και Δαμιανό, οι οποίοι ήταν ιατροί και τον Άγιο Παντελεήμονα, τον προστάτη των ιατρών, γεγονός που συνδέεται με το πέρασμα της θρησκείας του Ασκληπιού στη Χριστιανική θρησκεία, διατηρώντας την θεραπευτική παράδοση. Άλλο στοιχείο που παρατηρούμε στις τοιχογραφίες είναι η ύπαρξη πολλών τοιχογραφιών με θέμα το θάνατο. Διακρίνουμε την κοίμηση του Οσίου Εφραίμ του Σύρου, τη Σταύρωση με τη λυποθιμία της Παναγίας, μορφές των Αρχαγγέλων, τον Άγιο Πέτρο, τη Δέηση και τον Άγιο Ιωάννη στη θύρα, την Κοίμηση της Θεοτόκου, τον Άγιο Νικήτα.
Στην είσοδο βλέπουμε επιγραφή που μνημονεύει τον Αυτοκράτορα Παλαιολόγο (παρά την περίοδο της Ενετοκρατίας) και αναφέρει την ύπαρξη Ασκληπιείου στο παρελθόν.