Η Μονή των Τριών Ιεραρχών βρίσκεται σε μια από τις πιο αφιλόξενες περιοχές της Κρήτης, στην περιοχή Λουσούδι στα άγρια Αστερούσια Όρη. Ιδρύθηκε τον 14ο αιώνα κοντά στην κορυφή Κόφινας σε υψόμετρο 880μ, και θεωρείται από τον αρχαιολόγο Αθανάσιο Παλιούρα ως το «πρώτο» Ελληνικό Πανεπιστήμιο. Ιδρυτής της μονής ήταν ο μοναχός Ιωσήφ Φιλάγρης, ένας από τους σημαντικότερους μελετητές του Αριστοτέλη, συνεχίζοντας παράλληλα τη μακραίωνη παράδοση των Αστερουσίων στον ασκητισμό.
Οι ανασκαφές στο χώρο έχουν φέρει στο φως τα κελιά των μοναχών, την κουζίνα, την τράπεζα, αποθήκες και το αρχονταρίκι. Όμως το σημαντικότερο ήταν το Scriptorium, δηλαδή το εργαστήριο όπου ο Φιλάγρης και οι μαθητές του αντέγραφαν χειρόγραφα, κώδικες και περγαμηνές από θρησκευτικά κείμενα και αρχαίους συγγραφείς, κυρίως του Αριστοτέλη. Τα χειρόγραφα του Φιλάγρη διασώζονται σήμερα σε βιβλιοθήκες του Λονδίνου, της Βιέννης, των Παρισίων, του Βουκουρεστίου, του Αγίου Όρους, κ.α.
Η Εκκλησία την περίοδο αυτή είχε εξαπολύσει διωγμό εναντίον του Αριστοτέλη, ενώ οι Ενετοί είχαν απαγορεύσει τη διδασκαλία της Ελληνικής Γλώσσας. Ωστόσο, η επιλογή αυτού του απομονωμένου μέρος για την ίδρυση της μονής, βοήθησε τον Φιλάγρη στο σπουδαίο έργο του. Αφενός συνεισέφερε στη διάσωση μέρους του έργου του Αριστοτέλη «διά χειρός Ἰωσήφ Φιλάγρη, μοναχοῦ τοῦ Κρητός καί τῶν αὐτοῦ φοιτητῶν ἐν τῇ μονῇ τῶν Τριῶν Ἱεραρχῶν, κάτωθι Κωφηνίου Ὄρους εἰς θέσιν Λουσούδι», αλλά και στη διδασκαλία της Ελληνικής Φιλολογίας, Μαθηματικών και της Ιατρικής.
Στις 30/1/2016 τελέστηκε θεία λειτουργία για πρώτη φορά μετά από 600 χρόνια στο αναστηλωμένο καθολικό του μοναστηριού.