Στην επαρχία Αγίου Βασιλείου συναντάμε κυρίως μικρές ανενεργές μονές που σήμερα διατηρούνται μόνο ως ναοί.
Μονή Αγίου Ραφαήλ στο Σπήλι 
H Μονή Αγίων Νεοφανών Μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης λειτουργεί στην έδρα της Μητρόπολης Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων, στο Σπήλι Αγίου Βασιλείου, όπου φυλάσσεται και η σιαγόνα του Αγίου Ραφαήλ. Εκτός από τον κεντρικό ναό, στο χώρο υπάρχουν ναΐσκοι αφιερωμένοι στον Άγιο Ειρηναίο, στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο, στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη και στον Αρχάγγελο Μιχαήλ.
Η Μονή του Πρέβελη (ή της Πρέβελης) βρίσκεται σε απόσταση 37km νότια του Ρεθύμνου, σε μια πανέμορφη φυσική τοποθεσία στις δυτικές πλαγιές του Μεγάλου Ποταμού (Κουρταλιώτικου φαραγγιού) και του φοινικοδάσους της περιοχής. Περιλαμβάνει δύο ξεχωριστά μοναστήρια που βρίσκονται σε απόσταση 1.7km μεταξύ τους, την Κάτω Μονή του Προδρόμου και την Πίσω Μονή του Θεολόγου.
Η Μονή Αγίου Πνεύματος πιθανόν ιδρύθηκε κατά τον 12ο αιώνα και σίγουρα στο τέλος της Ενετοκρατίας ήταν αυτόνομο και σε άνθιση. Στις 15 Ιουνίου 1821 οι Αμπαδιώτες Τούρκοι έσφαξαν τους μοναχούς και πυρπόλησαν το μοναστήρι.
Η Ιερά Μονή Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στην τοποθεσία Κατεβατή, 6 χλμ. από το χωριό Ακούμια (ή Κούμια) στα νοτιοανατολικά του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 525μ. Για να φτάσει κανείς στο μοναστήρι πρέπει να διανύσει απόσταση 15 λεπτών με το αυτοκίνητο σε χωματόδρομο από την περιοχή Ακούμια.
Μονή Αγίου Γεωργίου στο Φινοκάλη 
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στην τοποθεσία Φινοκάλης υπήρξε καθολικό γυναικείου μοναστηριού του 14ου αιώνα που σήμερα δε λειτουργεί (έπαυσε τη λειτουργία του τη δεκαετία του 1980). Εντύπωση προκαλεί η κλίση των τοίχων του ναού, ο οποίος αν δεν είχε υποστυλωθεί θα είχε καταρρεύσει από την καθίζηση του εδάφους. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα.
Η μονή του Αγίου Ιωάννη στην περιοχή Βούλγαρης σήμερα δεν κατοικείται και σώζεται μόνο ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Πρόδρομου (24 Ιουνίου) και ελάχιστα ίχνη κελιών. Το μοναστήρι λειτούργησε πιθανώς από τον 15ο αιώνα και σύντομα απέκτησε τεράστια περιουσία (με χιλιάδες ελαιόδεντρα).
Η έρημη πλέον μονή του Αγίου Ονουφρίου (Άι Νούφρης) είναι κτισμένη σε απόκρημνη χαράδρα του όρους Ασιδέρωτας με κάθετα βράχια, δίπλα σε πηγή με δροσερό νερό. Γύρω από το σπηλαιώδη ναό υπάρχουν τα ερειπωμένα κελιά των μοναχών. Ο ναός εορτάζει στις 12 Ιουνίου.
Ο ναός της Παναγίας στη Λαμπινή είναι τετράστυλος σταυροειδής ναός (11ος-12ος αιώνας) με τρούλο και με πολύ εντυπωσιακό καμπαναριό. Ο εντυπωσιακός ναός λειτούργησε ως Επισκοπή Λάμπης, ενώ το 1950 βρέθηκε στη κόγχη τοιχογραφία της Παναγίας με την ονομασία ΛΑΜΠΗΝΗ.
