Στην επαρχία Αγίου Βασιλείου συναντάμε κυρίως μικρές ανενεργές μονές που σήμερα διατηρούνται μόνο ως ναοί.
Ναός Αγίου Γεωργίου στο Ξυλομαχαίρι 
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου στο Ξυλομαχαίρι βρίσκεται ανατολικά της Μονής Πρέβελη, πολύ κοντά στο επιβλητικό φαράγγι του Κουρταλιώτη και στην έξοδο του Φρατιανού Φαραγγιού. Είναι μικρός μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που χρονολογείται στα μέσα του 13ου αιώνα, ο οποίος αργότερα επεκτάθηκε προς τα δυτικά. Στο εσωτερικό του σώζονται δύο στρώματα τοιχογραφιών, καθώς μετά την επέκταση αγιογραφήθηκε εκ νέου.
Ο ναός της Αγίας Φωτεινής βρίσκεται ανατολικά της Μονής Πρέβελη και πολύ κοντά στο επιβλητικό φαράγγι του Μεγάλου Ποταμού και στη παραλία του Πρέβελη. Είναι μικρός μονόχωρος καραμοσκέπαστος με λιτή εξωτερική εμφάνιση, με μοναδικό διακοσμητικό στοιχείο ένα σταυρό από τέσσερα πινάκια πάνω από το υπέρθυρο της εισόδου.
Στην περιοχή Μπαλέ, λίγο πριν την είσοδο στο χωριό του Αγίου Βασιλείου στο νότιο Ρέθυμνο, συναντάμε το βυζαντινό εκκλησάκι της Ζωοδόχου Πηγής. Το εκκλησάκι που γιορτάζει κάθε χρόνο την πρώτη Παρασκευή μετά το Πάσχα βρίσκεται ακριβώς πάνω στο δρόμο σε υπερυψωμένο σημείο που το κάνει εύκολα ορατό από όλες τις πλευρές.
Στην πλαγιά του βουνού πάνω από το χωριό Μαριού στο νότιο Ρέθυμνο συναντάμε το σπηλαιώδες εκκλησάκι του Άγιου Ονούφριου. Το εκκλησάκι γιορτάζει στις 12 Ιουνίου κάθε χρόνο ημέρα που η εκκλησία μας τιμά τη μνήμη αυτού του τόσο ιδιαίτερου ασκητή της ερήμου. Ένας σχετικά καλός χωματόδρομος που ξεκινά στην είσοδο του χωριού μας οδηγεί στο σημείο που βρίσκεται ο ναός πάνω στο δρόμο. Η θέση του μικρού σπηλαίου που φιλοξενεί το ναό είναι στην ρίζα ενός κοφτού και απότομου κατακόρυφου ασβεστολιθικού βράχου που είναι γεμάτος με ενδημικά χασμόφυτα. Από το σημείο αυτό η θέα στα χωριά της περιοχής και στον κόλπο του Πλακιά είναι μοναδική.
Σε μια περιοχή κυριολεκτικά κρυμμένη μέσα σε αιωνόβιες ελιές και άλλα δέντρα κάτω από το χωριό Σελλιά Αγίου Βασιλείου Ρεθύμνου βρίσκεται ο ναός των Αγίων Φώτιου και Ανίκητου. Ως εκεί φτάνει χωματόδρομος από τα Σελλιά. Ο ναός είναι μικρός, στενόμακρος και μονόχωρος και πραγματικά λιτός εξωτερικά. Η κατασκευή του τοποθετείται στα χρόνια της Ενετοκρατίας (14ος αιώνας) και αυτό φαίνεται ξεκάθαρα από τις λίγες αγιογραφίες που κοσμούν το βόρειο τοίχο.
Στο ανατολικό άκρο του χωριού Μέλαμπες συναντάμε το Βυναντινό ναό της Αγίας Παρασκευής με τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε δύο φάσεις. Ο ναός είναι κτισμένος δίπλα σε πηγή με δροσερό νερό και σκεπάζεται από έναν μεγάλο πλάτανο. Έτσι ακόμη κι εδώ ισχύει η συνήθεια που θέλει τους ναούς δίπλα σε πηγές να είναι αφιερωμένοι στην Αγία Παρασκευή, την προστάτιδα των ματιών.
Ο ναός του Σωτήρος Χριστού βρίσκεται στα Ακούμια Αγίου Βασιλείου και είναι αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος (6 Αυγούστου). Ο αρχικός μονόχωρος ναός χρονολογείται στον 13ο αιώνα και έχει επεκταθεί μεταγενέστερα προς στα δυτικά, ενώ με τις προσχώσεις πλέον βρίσκεται σε χαμηλότερο επίπεδο από το έδαφος.
Ο Ναός της Παναγίας στον Κισσό Αγίου Βασιλείου βρίσκεται δίπλα στο κοιμητήριο του χωριού και είναι αφιερωµένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Ο αρχικός μονόχωρος ναός έχει επεκταθεί στα δυτικά μάλλον στις αρχές του 20ου αιώνα, όταν προστέθηκε το εντυπωσιακό κωδωνοστάσιο που φέρει την χρονολογία 1901.
