Ο ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται στη βόρεια πλευρά του νησιού, στην τοποθεσία που έχουν εντοπιστεί οι αρχαίες εγκαταστάσεις παραγωγής πορφύρας και τάφοι. Χρονολογείται στον 13ο αιώνα, αν και έχει υποστεί νεότερες επεμβάσεις. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση κάποιου αρχαίου κτίσματος, ίσως ιερού. Πολύ κοντά στο ναό υπάρχει πηγάδι με γλυφό νερό.
Ο ναός της Παναγίας στο Ψυχρό Ιεράπετρας είναι αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου (εορτ. 15 Αυγούστου) κι αναφέρεται στην Ενετική απογραφή μονών και ναών του 17ου αιώνα. Ανήκει στην ενορία του Αγίου Ιωάννη Ιεράπετρας και κάθε χρόνο γίνεται μεγάλο πανηγύρι.
Νότια του χωριού Μάλλες της επαρχίας Ιεράπετρας βρίσκεται το ερειπωμένο σήμερα χωριό της Λούτρας, όπου δεσπόζει ακόμη ο επιβλητικός ναός του Αγίου Γεωργίου δίπλα σε ένα όμορφο κυπαρίσι. Λόγω του μεγέθους του, πιστεύεται ότι υπήρξε έδρα Επισκοπής Ιεράς, όπως η κοντινή Παναγία Αρμού. Ο ναός είναι κτισμένος στη θέση παλαιότερης τρίκλιτης βασιλικής.
Ο ναός της Αγίας Ειρήνης στην κοιλάδα της Αύγου στην περιφέρεια του Καβουσίου Ιεράπετρας χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες του 1410-1411. Ο ναός πιστεύεται ότι υπήρξε καθολικό μικρής γυναικείας μονής, αλλά δε σώζονται άλλα κτίσματα.
Το χωριό Σταυρός Ιεράπετρας, γνωστό με το παλαιότερο όνομα Καπίστρι, διασώζει αρκετά μεγάλο αριθμό ναών, γεγονός που υποδεικνύει την ακμαία του πορεία στο παρελθόν. Ένας από τους πιο εντυπωσιακούς ναούς του βρίσκεται λίγα μέτρα νότια από τον οικισμό και ονομάζεται Κάτω Άη Γιώργης.
Ο μικρός μονόχωρος ναός του Αγίου Μάμα βρίσκεται βόρεια του χωριού Καπίστρι ή Σταυρός της επαρχίας Ιεράπετρας, πολύ κοντά στη Μονή της Παναγίας στο Γουρνί και στο ναό της Αγίας Σοφίας.
Ο ναός της Παναγίας της Παντάνασσας Βαγιωνέας είναι αφιερωμένος στη Ζωοδόχο Πηγή και βρίσκεται στην τοποθεσία Βαγιωνιά της περιφέρειας της Ανατολής Ιεράπετρας. Είναι κτισμένος σε δύσβατη αγροτική περιοχή, γεμάτη από θερμοκήπια, και αποτέλεσε καθολικό της γυναικείας μονής Παντάνασσας.
Ο μικρός μονόχωρος και καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Στεφάνου βρίσκεται μέσα στο σχεδόν έρημο χωριό Μοναστηράκι της επαρχίας Ιεράπετρας, δίπλα σε σημείο που πηγάζει νερό από το βουνό της Θρυπτής. Ο αρχικός ναός έφερε τοιχογραφικό διάκοσμο, από τον οποίο διατηρείται η κόγχη του ιερού βήματος.