Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες Μυλοποτάμου βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Αποτελεί μονόχωρο καμαροσκέπαστο ναό και στο εσωτερικό του φέρει ίχνη τοιχογραφιών και εντυπωσιακό πέτρινο τέμπλο. Σε κάθε μια πλευρά του ναού ανοίγονται τρία τυφλά αψιδώματα. Η είσοδος έχει λαξευτό θύρωμα από πωρόλιθο, ενώ στα ανώτερα σημεία των εσωτερικών τοίχων θα δείτε κάποιες τρύπες με εντοιχισμένα αγγεία για τη βελτίωση της ακουστικής του ναού.
Ο ναός αρχικά ήταν μεγαλύτερος ή ενωνόταν με κάποιο κτίριο άγνωστης χρήσης, καθώς περιβάλλεται από ερειπωμένα προσκτίσματα, από τα οποία σώζονται τρεις αψίδες. Οι τοιχογραφίες του ναού χρονολογούνται στο 1383, όπως αναφέρει σχετικη επιγραφή, με έξοδα του ιερέα Γεωργίου Κλάδου. Το εικονογραφικό πρόγραμμα περιλαμβάνει και σκηνές από το βίο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου.