Ο ναός της Παναγίας στο Κεραμούτσι ήταν αρχικά μονόχωρος και τοιχογραφημένος. Από το αρχικό κτίριο σώζεται το ανατολικό τμήμα (η αψίδα του ιερού) με λαϊκές τοιχογραφίες του 14ου αιώνα. Τον 16ο αιώνα ο ναός, για άγνωστο λόγο, ανακαινίστηκε και μετατράπηκε σε σταυροειδή με τρούλο.
Σε μια αγροτική περιοχή της Επισκοπής Πεδιάδος Ηρακλείου βρίσκεται ο ξεχασμένος και άγνωστος σε όλους σχεδόν Άγιος Φωκάς. Ο Άγιος Φωκάς είναι μια κατεστραμμένη εκκλησία που στις μέρες μας έχει μετατραπεί σε ένα σωρό από πέτρες που κάποτε αποτελούσαν τον περικαλλή αυτό ναό.
Ένας μικρός οικισμός στον οποίο η ύπαρξη πηγών ευνόησε την ανάπτυξή του, ήταν ο οικισμός στου Γουλή το Μετόχι, κυρίως γνωστός στους βοσκούς κυρίως ως Βορινός Άγιος Νικήτας. Η κοινή ονομασία του οικισμού οφείλεται στο γραφικό ναό του Αγίου Νικήτα, ίσως καθολικό παλαιάς μονής.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου Κουμπελή βρίσκεται στην τοποθεσία Σόδι ανατολικά των Χανίων και στη δυτική βάση του Ακρωτηρίου Χανίων, πολύ κοντά στις εγκαταστάσεις του βιολογικού καθαρισμού.
Ο δίκλιτος ναός του Αγίου Νικολάου και της Αγίας Άννας βρίσκεται στο χωριό Ελένες. Το κλίτος του Αγίου Νικολάου φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες που χρονολογούνται στον 13ο αιώνα, ενώ υπάρχει επιγραφή με χρονολογία του 1609. Το κλίτος της Αγίας Άννας φέρει σύγχρονες τοιχογραφίες.
Ο μεγάλος κοιμητηριακός ναός της Νεάπολης είναι δίκλιτος ναός αφιερωμένος στο Σωτήρα Χριστό και στους Αγίους Πάντες. Ο ναός φέρει τοιχογραφίες του 14ου αιώνα σε σχετικά καλή κατάσταση. Η ύπαρξη δεξαμενής υπονοεί ότι ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως μονή.
Στο μέσο του δρόμου που ενώνει την Καλλιθέα με την Κνωσό, συναντάμε το έρημο μικρό οικισμό του Σελλόπουλου στις όχθες του ποταμού Καίρατου, γνωστό στους αρχαιολόγους από τον θολωτό τάφο που έχει εντοπιστεί εδώ. Κάτω και δίπλα από τον δρόμο είναι κτισμένη η λιτή και μονόχωρη εκκλησία της Αγίας Παρασκευής, η οποία φέρει κατεστραμμένες τοιχογραφίες που χρονολογούνται από την εποχή της Ενετοκρατίας.
Ο ναός των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου βρίσκεται στη συνοικία Αμπομπάντενα ή Αομπάδενα του Αγίου Μύρωνα και είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που φέρει τοιχογραφίες με έντονο νεκρικό χαρακτήρα. Είναι η μοναδική εκκλησία στην οποία οι τοιχογραφίες έχουν εκτελεστεί σε πανί (καναβάτσο), που έχει επικολληθεί στην τοιχοποιία του ναού.