Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της ιστορίας και της τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα, ενώ οι περιοδικές του εκθέσεις κινούνται από τη Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας και την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων. Ο επισκέπτης που επιθυμεί να γνωρίσει εις βάθος την κρητική ιστορία, μπορεί να επισκεφθεί το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης στα Χανιά με 170 αρχειακές συλλογές. Στα Χανιά στεγάζεται και το δεύτερο σημαντικότερο Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδας, που έχει σκοπό τη διαφύλαξη της μεγάλης ναυτικής παράδοσης της Κρήτης. Σπουδαία είναι και τα Βυζαντινά Μουσεία Ηρακλείου, Χανίων και Ρεθύμνου.
Αξιόλογες είναι και οι συλλογές πολεμικού και αρχειακού υλικού, που έχουν σκοπό τη διατήρηση της μνήμης για τον αντιστασιακό αγώνα των Κρητικών, από την Οθωμανική Εποχή ως και την περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Οι σπουδαιότερες από αυτές είναι το Στρατιωτικό Μουσείο Ρεθύμνου στο Χρωμοναστήρι, το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων, το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης Θερίσου, το μουσείο Μπαντουβά στο Ηράκλειο, το μουσείο Κεραμειών, του Αναγνώστη Σκαλίδη στα Περβόλια Κισσάμου και τα Πολεμικά μουσεία Ασκύφου και Αργυράκη. Εξίσου σημαντική είναι και η ανάδειξη ιστορικών σημείων ως μουσειακών τόπων μνήμης, ανάμεσά τους οι Γερμανικές Στοές στον Πλατανιά και η Στοά Μακάσι στα Τείχη του Ηρακλείου που λειτουργούσε ως χώρος κράτησης ομήρων και συλληφθέντων.
Μουσείο Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής (Νεώριο Μόρο) 
Στα Χανιά μην παραλείψετε να δείτε, στα νεώρια του ενετικού λιμανιού, το Μουσείο Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής με την αναπαράσταση του Μινωικού πλοίου «Μινώα» του 16ου-15ου αιώνα π.Χ., το οποίο καθελκύστηκε το Δεκέμβριο του 2003 και το 2004 έκανε το παρθενικό του ταξίδι από τα Χανιά στον Πειραιά.
Λαογραφικό και Ιστορικό Μουσείο Νεάπολης 
Το Λαογραφικό και Ιστορικό Μουσείο Νεάπολης στεγάζεται από το 2016 στο κτίριο του πρώτου Γυμνασίου της Νεάπολης και φορέας διαχείρισής του είναι η Πολιτιστική Λαογραφική Εταιρεία Απάνω Μεραμπέλλου. Η έκθεσή του αποτελείται από κειμήλια της πολιτισμικής παράδοσης της επαρχίας Μεραμβέλου που αφορούν την καθημερινή ζωή μετά τον 19ο αιώνα.
