Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης προσφέρει μια σύνθετη εικόνα της ιστορίας και της τέχνης της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους ως τον 20ο αιώνα, ενώ οι περιοδικές του εκθέσεις κινούνται από τη Βυζαντινή ως τη σύγχρονη τέχνη, την ανάδειξη κορυφαίων λογοτεχνικών μορφών της Ελλάδας και την παρουσίαση μεγάλων ιστορικών γεγονότων. Ο επισκέπτης που επιθυμεί να γνωρίσει εις βάθος την κρητική ιστορία, μπορεί να επισκεφθεί το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης στα Χανιά με 170 αρχειακές συλλογές. Στα Χανιά στεγάζεται και το δεύτερο σημαντικότερο Ναυτικό Μουσείο της Ελλάδας, που έχει σκοπό τη διαφύλαξη της μεγάλης ναυτικής παράδοσης της Κρήτης. Σπουδαία είναι και τα Βυζαντινά Μουσεία Ηρακλείου, Χανίων και Ρεθύμνου.
Αξιόλογες είναι και οι συλλογές πολεμικού και αρχειακού υλικού, που έχουν σκοπό τη διατήρηση της μνήμης για τον αντιστασιακό αγώνα των Κρητικών, από την Οθωμανική Εποχή ως και την περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. Οι σπουδαιότερες από αυτές είναι το Στρατιωτικό Μουσείο Ρεθύμνου στο Χρωμοναστήρι, το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων, το Μουσείο Εθνικής Αντίστασης Θερίσου, το μουσείο Μπαντουβά στο Ηράκλειο, το μουσείο Κεραμειών, του Αναγνώστη Σκαλίδη στα Περβόλια Κισσάμου και τα Πολεμικά μουσεία Ασκύφου και Αργυράκη. Εξίσου σημαντική είναι και η ανάδειξη ιστορικών σημείων ως μουσειακών τόπων μνήμης, ανάμεσά τους οι Γερμανικές Στοές στον Πλατανιά και η Στοά Μακάσι στα Τείχη του Ηρακλείου που λειτουργούσε ως χώρος κράτησης ομήρων και συλληφθέντων.
Ιστορικό και Λαογραφικό Μουσείο Γαβαλοχωρίου 
Το Μουσείο λειτουργεί από το 1968 και εγκαινιάστηκε το Σεπτέμβριο του 1993. Στεγάζεται σε κτίριο που αποτελεί χαρακτηριστικό δείγμα τοπικής παραδοσιακής αρχιτεκτονικής και αναπτύσσεται σε δύο επίπεδα.
Στο μουσείο, εκτός από τη σημαία του κινήματος, εκτίθενται προσωπικά αντικείμενα του Ελευθερίου Βενιζέλου, το απολυτήριο του από το «Βασιλικόν Γυμνάσιον Σύρου» το 1880, πλούσιο φωτογραφικό και αρχειακό υλικό, εφημερίδες της εποχής, στολές και άλλα σημαντικά κειμήλια.
Το Ιστορικό Μουσείο Βοριζίων «Ο Σπήλιος» βρίσκεται στο χωριό Βορίζια του Ηρακλείου και φιλοξενείται σε σπηλιά πάνω από το χωριό, όπου μέχρι και την ίδρυσή του χρησιμοποιούνταν για τυροκομία. Το μουσείο εγκαινιάστηκε στις 16 Αυγούστου 2014.
Στη θέση Μελιανά στον Αμιρά Βιάννου συναντάμε ένα από δεκάδες μνημεία της Γερμανικής θηριωδίας που γνώρισε η Κρήτη κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, που μνημονεύει μία από τις πλέον βιαιότερες σφαγές της Κατοχής στην Ελλάδα. Κάθε χρόνο στο μνημείο τελείται μνημόσυνο για τα θύματα της σφαγής
Το μουσείο Εθνικής Αντίστασης του 1941-1945 βρίσκεται στην είσοδο του χωριού. Τα εγκαίνια του Μουσείου έγιναν το Μάιο του 2003 και παραμένει ανοικτό κάθε μέρα χάρη στην εθελοντική προσφορά μιας κοπέλας.
Το μουσείο λειτουργεί από το 1967 και ιδρύθηκε από το Σωματείο Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης – Ομάδες Μπαντουβά. Στεγάζεται στο σημερινό στρατολογικό γραφείο Ηρακλείου, το οικόπεδο του οποίου ανήκε στον αντάρτη της Εθνικής Αντίστασης, καπετάν Μανώλη Μπαντουβά.
Σε υψόμετρο 450μ., 14 χλμ νότια από τη πόλη των Χανίων, βρίσκεται ο οικισμός Αχλάδες,ένα μικρό χωριουδάκι που κατοικούν μόνιμα ελάχιστοι κάτοικοι. Στο χωριουδάκι αυτό, σε ένα ξέφωτο με ωραία θέα, μέσα σε ένα μικρό ταβερνάκι, φιλοξενείται η ιδιωτική πολεμική συλλογή που με μεράκι και αγάπη έχει δημιουργήσει ο Κώστας Μαυριγιαννάκης.
Το Αργυράκειο Πολεμικό και Εθνολογικό Μουσείο στεγάζει μια πολύ σημαντική πολεμική συλλογή του ιδρυτή του Μιχάλη Αργυράκη στην Επισκοπή Πεδιάδος. Παρουσιάζονται οικογενειακά κειμήλια, στρατιωτικός εξοπλισμός από τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, φωτογραφίες και έγγραφα.
