Η οικολογική και περιβαλλοντική αξία της Κρήτης αποτελεί αντικείμενο για πολλούς φορείς του νησιού. Κάθε χρόνο, πολλοί σύλλογοι και οργανώσεις διοργανώνουν δράσεις που αφορούν στην προστασία του περιβάλλοντος και την ενημέρωση του κοινού. Προστασία θαλάσσιων χελωνών, καθαρισμός υδροβιοτόπων, παρατήρηση πουλιών, απελευθέρωση αρπακτικών πτηνών, διοργάνωση εκθέσεων και σεμιναρίων είναι μερικές από τις πιο συνηθισμένες δράσεις στο νησί, που έχουν σκοπό να ευαισθητοποιήσουν τον κόσμο και να του γνωρίσουν το περιβάλλον του.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας του Πανεπιστημίου Κρήτης εκπονεί σημαντικές δράσεις και μελέτες σχετικές με τη φυσική ιστορία και τη βιοποικιλότητα του νησιού, ενώ παράλληλα προσφέρει στους επισκέπτες μια μοναδική εμπειρία μέσω μιας πλούσιας έκθεσης. Το ενυδρείο «Θαλασσόκοσμος» του Ελληνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών αποτελεί εξαιρετικό μέσο γνωριμίας με τη θαλάσσια ζωή. Στα 1.700.000 λίτρα θαλασσινού νερού, φιλοξενεί περίπου 200 είδη της Μεσογείου, από το μεγάλο θηρευτή καρχαρία, μέχρι τους μικρούς ιππόκαμπους. Μέσα από συνεχείς εκπαιδευτικές δράσεις, παιδιά και μεγάλοι έρχονται κοντά στο μαγικό κόσμο του βυθού. Είναι το μεγαλύτερο στην Ελλάδα κι ένα από τα σημαντικότερα στη Μεσόγειο. Σπουδαίες προσπάθειες έχουν γίνει και προς την κατεύθυνση ενημέρωσης του κοινού για τις τοπικές κοινωνίες. Στο οροπέδιο του Ομαλού λειτουργεί Κέντρο Πληροφόρησης για τον Εθνικό Δρυμό των Λευκών Ορέων και μέσα στο Φαράγγι της Σαμαριάς υπάρχουν δύο εκθέσεις που αναδεικνύουν τη αλληλεπίδραση του ανθρώπου με την τοπική φύση.
- 1
- 2
Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης 
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης του Πανεπιστημίου Κρήτης ιδρύθηκε το 1980 και από το 2007 στεγάζεται στο κτίριο της παλιάς ηλεκτρικής στην παραλιακή του Ηρακλείου, κοντά στο ενετικό λιμάνι.
To Cretaquarium – Θαλασσόκοσμος είναι ένα από τα σημαντικότερα ενυδρεία στην Ευρώπη. Ξεκίνησε τη λειτουργία του το Δεκέμβριο του 2005 στην πρώην Αμερικανική Βάση των Γουρνών και αμέσως έγινε πόλος έλξης για χιλιάδες επισκέπτες.
Το Τέμενος Μασταμπά, με την ιδιάζουσα αρχιτεκτονική των 9 τρούλων, τα συνεχόμενα κελιά, το «Ηγουμενείο» και τον περιβάλλοντα χώρο του αποτελεί αυτό καθ’ αυτό μνημείο της πόλης του Ρεθύμνου. Έχει παραχωρηθεί στο Μ.Γ.Φ.Ι. με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού. Μετά την ολοκλήρωση της αναστήλωσης και την εκτέλεση της σχετικής μουσειολογικής μελέτης, λειτουργεί ως Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου – Γουλανδρή Φ.Ι.
Το Mουσείο Κοτσανά-Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας μελετά, αναδεικνύει και παρουσιάζει στο ελληνικό και διεθνές κοινό μια ύψιστης σημασίας αλλά σχετικά άγνωστη πτυχή του αρχαιοελληνικού πολιτισμού: την τεχνολογία. Στο ενετικό μεγαρο Ιττάρ, οι επισκέπτες έχουν την μοναδική ευκαιρία να εξερευνήσουν την έκθεση «Αρχαία Ελλάδα-Οι Απαρχές των Τεχνολογιών», η οποία περιλαμβάνει 55 επιλεγμένα εκθέματα –ομοιώματα εφευρέσεων
Το Αστεροσκοπείο Σκίνακα είναι μια κοινή ερευνητική εγκατάσταση του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας, του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Ινστιτούτου Max Planck Εξωγήινης Φυσικής της Γερμανίας.
Το Μουσείο Ιατρικής στεγάζεται στο Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ηράκλειο. Η συλλογή του αποτελείται από ιστορικά ιατρικά βιβλία, ιατρικά και χειρουργικά εργαλεία, παλαιά ιατρικά μηχανήματα, φαρμακευτικά σκεύη ιστορικής σημασίας, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό.
Το Μουσείο Κρητικών Βοτάνων - Herbarium Jacques Zaffran, εγκαινιάσθηκε το 2008. Στεγάζεται σε κτήριο της Ορθοδόξου Ακαδημίας Κρήτης και εκθέτει τα περίπου 9.000 βότανα της Συλλογής Κρητικών Βοτάνων, που πρόσφερε ο Γάλλος Καθηγητής της Βοτανικής Jacques Zaffran.
Το Λαογραφικό και Γεωλογικό Μουσείο Ζαρού βρίσκεται δίπλα στο ναό του Αγίου Γεωργίου στο Ζαρό και στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό Κρητικό σπίτι. Το Μουσείο είναι δημιουργία του Παγκρήτιου Λαογραφικού Συλλόγου και λειτουργεί από το Νοέμβριο του 2014.
- 1
- 2
